查核費用由本部與會計師按估計之合理工作小時及會計師及其助理人員之每小時費率為基礎共同議定之。

每小時之查核費率應由受查金融機構於依本辦法第六條第二項選任會計師報部前與會計師先行議定，並併同擬選任會計師之名單函報本部。未依規定議定報部者，本部得於委託會計師查核時逕為決定。與會計師議定之每小時查核費率有變更者，亦應函報本部。

查核費用及相關代墊費用由受查金融機構負擔，受查金融機構應於受託會計師開始辦理實地查核後，依會計師與本部議定之查核費用估計數，於本部指定期限內繳送本部。查核結束後結算實際應繳總額，實際應繳總額大於預繳金額者應於本部指定期限內補足，小於預繳金額者由本部無息退還。本部於收到會計師之查核報告後，即將該費用支付予會計師。如因可歸責於受查金融機構之原因，致會計師無法繼續其查核工作時，除對受查金融機構依銀行法有關規定處罰外，受查金融機構仍應依會計師實際投入之時間計付查核費用及代墊費用。受查金融機構拒絕支付查核費用者，依銀行法第一百三十二條規定，處新台幣三萬元以上六十萬元以下罰鍰，於規定期限內仍不支付查核費用者，依銀行法第一百三十六條規定，得加一倍至五倍處罰。