會計師辦理查核前，應由本部與會計師議定查核目的、時間、主要查核程序、查核費用及預定出具報告期限，並簽訂委託書。會計師應於收到本部公文後二日內持本部之公文及委託書副本至受查金融機構開始辦理查核。

會計師於查核過程中，除經本部事先核准，其會計及審計專業業務不得複委託其他會計師執行。會計師於必要時，得委託其他專家針對受查金融機構特定事項表示意見、出具聲明或進行評鑑等工作，並依中華民國會計研究發展基金會審計準則委託會發布之審計準則公報第二十號專家報告之採用規定辦理。