電子支付機構應留存確認使用者與特約機構身分程序所得資料及執行各項確認使用者與特約機構身分程序之相關紀錄；使用者與特約機構變更身分資料時，亦同。

電子支付機構應留存使用者之必要交易紀錄，其範圍如下：
一、代理收付實質交易款項業務：留存付款方支付工具種類、帳號或卡號、支付金額、支付幣別、支付時間、付款方及收款方電子支付帳戶帳號或儲值卡號、可資識別之特約機構資訊、交易手續費及交易結果；發生退款時，留存退款方式、退款金額、退款幣別、退款時間、退款金額入帳之支付工具種類、帳號或卡號及交易結果。
二、收受儲值款項業務：留存儲值方式、收受儲值款項之電子支付帳戶帳號或儲值卡號、儲值金額、儲值幣別、儲值時間、交易手續費及交易結果。
三、國內外小額匯兌業務：留存使用者電子支付帳戶帳號、移轉金額、移轉幣別、移轉時間、交易手續費及交易結果。
四、提領電子支付帳戶支付款項：留存提領支付款項之電子支付帳戶帳號、轉入之使用者本人金融機構相同幣別存款帳戶之帳號、提領金額、提領幣別、提領時間、交易手續費及交易結果。

電子支付機構應保留前項必要交易紀錄之軌跡資料至少五年以上，並應確保其真實性及完整性，以供帳務查核與勾稽。