電子支付機構接受使用者註冊時，雙方契約之內容應符合本條例第三十條規定，並應以雙方約定之方式，提供使用者得查詢契約之內容。

電子支付機構應依特約機構類型、交易金額、交易模式、遞延性商品或服務及銷售商品之風險性，建立特約機構徵信審核、風險控管、契約簽訂、教育訓練、稽核管理及定期查核相關管理機制，並遵循下列事項：
一、於契約中約定特約機構不得涉有其他法規禁止或各中央目的事業主管機關規定不得從事之交易。
二、於契約中約定特約機構就所銷售之遞延性商品或服務，依相關法規規定辦理履約保證或交付信託，並應揭露該履約保證或交付信託資訊予使用者知悉。
三、於契約中約定特約機構應遵守下列交易紀錄保存及查詢事項：
（一）特約機構應妥善保存相關之交易資料、文件及單據至少五年。
（二）特約機構應配合電子支付機構之要求，提供交易內容相關資料，包括但不限於交易條件、履行方式與結果及特約機構之營業項目與資格。對於電子支付機構所要求之資料，特約機構應詳細陳述，並提供必要之文件。

電子支付機構與特約機構簽訂及終止契約時，應通報財團法人金融聯合徵信中心（以下簡稱聯徵中心）。

電子支付機構簽訂非個人特約機構時，及對於代理收付實質交易款項最近六個月平均交易額達新臺幣八萬元之個人特約機構，應向聯徵中心查詢下列資料，並留存相關紀錄備查。但兼營電子支付機構如已同時依據查核信用卡特約商店之相關規定對該特約機構完成向聯徵中心查詢資料，且經該特約機構同意得將所查詢之資料供電子支付機構業務之目的而使用者，不在此限：
一、電子支付機構報送之特約機構簽訂及終止契約資料。
二、信用卡業務機構報送之特約商店簽訂及終止契約資料。
三、其他經主管機關規定之資料。

特約機構向同一電子支付機構申請新增電子支付帳戶或儲值卡之代理收付實質交易款項服務時，電子支付機構應再向聯徵中心為前項資料之查詢。

電子支付機構未符合前三項規定者，應於中華民國一百十一年六月三十日前調整符合規定。

電子支付機構對於特約機構，應採取下列風險控管措施：
一、建立特約機構之徵信審核機制及流程，負責特約機構審查、核准及管理作業之人員不得兼任業務人員。
二、建立特約機構之風險評等機制，對風險等級較高之特約機構，應採取限制交易金額、加強交易監測、實地訪視、提存保證金、提供其他擔保或延遲清算等措施，降低交易風險。
三、建立特約機構之調查、評估或實地訪視機制，調查及評估內容應包括交易異常狀況及前條第二項規定之資料，並根據特約機構之風險等級，採取適當之調查、評估或實地訪視之頻率及方式，且留存相關紀錄。
四、其他主管機關規定之風險控管措施。

電子支付機構依前項第二款要求特約機構提存保證金時，應依特約機構類型、交易金額、交易模式、所提供商品或服務之風險性，評估特約機構應提存之保證金數額後，由特約機構將保證金提存至電子支付機構與特約機構所約定專用存款帳戶以外之其他存款帳戶。

電子支付機構使用者以電子支付帳戶收受代理收付實質交易款項時，應與電子支付機構簽訂契約成為特約機構。但對於收受下列我國境內之交易款項，經確認交易真實性並留存紀錄者，非屬特約機構，不適用第四條至前條之規定：
一、電子發票獎金之領獎。
二、購買金融商品或服務依約定買回、贖回或分配收益等之收款。
三、薪資或報酬等所得之收款。
四、網路借貸平臺所撮合新臺幣金錢借貸之貸與或返還之收款。
五、銀行業放款業務撥貸之收款。
六、政府機關補助款發放或退稅費之收款。
七、其他主管機關規定之情形。

電子支付機構辦理境外特約機構及境外使用者之代理收付實質交易款項業務，應檢具下列書件各二份，向主管機關申請核准：
一、申請書。
二、董事會議紀錄。
三、營業計畫書。
四、業務章則及業務流程。
五、其他經主管機關規定之書件。

主管機關為前項核准前，應會商中央銀行同意後為之。

電子支付機構於使用者提領支付款項或撥付款項予特約機構時，應符合本條例第十九條第一項之規定，將提領款項轉入該使用者或特約機構之金融機構相同幣別存款帳戶。但使用者或特約機構符合下列情形之一，並經電子支付機構查核相關證明文件確認無誤者，不在此限：
一、以獨資方式經營之非個人使用者或特約機構，電子支付機構得將提領款項轉入或撥付款項至其負責人之金融機構相同幣別存款帳戶。
二、非個人使用者或特約機構屬我國政府機關、公立學校、公營事業及政府依相關法令遴選派任代表人之事業機構與財團法人，電子支付機構得將提領款項轉入或撥付款項至其指定之金融機構相同幣別存款帳戶。
三、非個人使用者或特約機構屬受總公司管轄之分支機構，電子支付機構得將提領款項轉入或撥付款項至其總公司之金融機構相同幣別存款帳戶。
四、電子支付機構得依使用者或特約機構擔任委託人簽訂之信託契約，將提領款項轉入或撥付款項至委託人依信託契約指定之金融機構相同幣別存款帳戶。