研究學院有下列情形之一，經主管機關令其限期改善而屆期未改善或改善無效果者，主管機關得召開審議會審議後令其停辦：
一、辦學目的有窒礙難行，或遭遇重大困難不能繼續辦理。
二、違反本條例或未依創新計畫辦理，情節重大。
三、監督會或管理會無法決議或不執行決議，致影響研究學院正常運作。
四、監督會之委員、管理會之委員、院長相互間發生爭議，致影響研究學院正常運作。
五、經評鑑結果為辦理不善，影響學生或教職員工權益。
六、財務狀況顯著惡化，已有不能清償債務之事實或嚴重影響院務正常運作。