研究學院經管理會認定經營規劃及績效不佳者，依下列規定之一辦理：
一、管理會令研究學院限期提出改善計畫，經管理會審議通過後執行，並報監督會備查。
二、研究學院未依前款規定提出改善計畫或改善計畫未獲管理會審議通過，管理會得逕提出改善計畫，令研究學院執行，並報監督會備查。

研究學院之績效報告書經監督會審議後，認定其經營績效不佳者，研究學院應於六個月內擬訂各項經營改善計畫，報管理會審議，經監督會通過後，送校務會議備查。

前項經營改善計畫之辦理情形，研究學院應定期向監督會報告；經監督會認定改善無效且須停辦者，研究學院應於三個月內提出停辦計畫，經管理會及監督會審議，送校務會議通過，由國立大學報主管機關核定後執行；管理會怠於處理時，應由監督會提出停辦計畫，送校務會議通過，由國立大學報主管機關核定後執行。

研究學院有下列情形之一，經主管機關令其限期改善而屆期未改善或改善無效果者，主管機關得召開審議會審議後令其停辦：
一、辦學目的有窒礙難行，或遭遇重大困難不能繼續辦理。
二、違反本條例或未依創新計畫辦理，情節重大。
三、監督會或管理會無法決議或不執行決議，致影響研究學院正常運作。
四、監督會之委員、管理會之委員、院長相互間發生爭議，致影響研究學院正常運作。
五、經評鑑結果為辦理不善，影響學生或教職員工權益。
六、財務狀況顯著惡化，已有不能清償債務之事實或嚴重影響院務正常運作。

研究學院不續辦者，應提出不續辦計畫，經管理會及監督會審議，送校務會議通過，於創新計畫結束一年前，由國立大學報主管機關核定後執行。

研究學院經停辦或不續辦時，應依下列規定辦理：
一、國立大學應輔導學生，協助其轉入至其他學院，並就原修習學分，依相關規定從寬予以採認抵免。
二、研究學院編制內人員，由國立大學接續聘任或任用。但經其同意辦理資遣或退休者，不在此限。
三、研究學院編制外人員，應辦理契約終止。