本部或受託評鑑機構，應依下列程序，辦理本評鑑工作：
一、各類評鑑，應擬訂評鑑實施計畫，經評鑑會審議通過及本部核定後，由本部或受託評鑑機構公告之，除專案評鑑外，應於辦理評鑑六個月前公告。
二、前款評鑑實施計畫，應包括評鑑項目、基準（指標）、程序、結果、申復、申訴、評鑑小組委員資格、講習、倫理、迴避及其他相關事項。
三、辦理評鑑說明會，針對評鑑實施計畫，向受評鑑之學校詳細說明。
四、籌組評鑑小組，接受評鑑會之督導，執行評鑑事務。
五、於當次所有學校評鑑結束後三個月內，完成評鑑報告初稿，送各受評鑑學校。
六、對評鑑報告初稿不服之受評鑑學校，於初稿送達後十四日內，得向本部或受託評鑑機構提出申復；申復有理由者，本部或受託評鑑機構應修正評鑑報告初稿；申復無理由者，維持評鑑報告初稿，並完成評鑑報告書及評鑑結果。
七、評鑑結果經評鑑會確認後，本部應公布評鑑結果，並將評鑑報告書送達受評鑑之學校。
八、對評鑑結果不服之受評鑑學校，於結果公布後十四日內，得向評鑑會提出申訴；申訴有理由者，本部或受託評鑑機構應修正評鑑結果；最終之評鑑結果經評鑑會確認後，由本部另行公告之。