特殊教育學校行政組織之設置如下：
一、教務處：設教學、註冊、設備、圖書、出版等組。
二、學生事務處：設訓育、生活教育、體育、衛生、住宿等組。
三、總務處：設文書、事務、出納等組。
四、實習輔導處：設實習、就業輔導等組。
五、研究發展處：設資訊、研究、推廣、輔具等組。
六、輔導室：設輔導、復健等組。

前項處、室或組之設置，得由各校視實際需要，整合其功能並調整其名稱；其最高設置基準如下：
一、六班以下：設二處及二組。
二、七班至十二班：設三處（室）及九組。
三、十三班至二十四班：設四處（室）及十二組。
四、二十五班以上：設五處（室）及十五組。

前項各行政組織之設置及掌理事項，由各該主管機關核定之。