特殊教育學校行政組織之設置如下：
一、教務處：設教學、註冊、設備、圖書、出版等組。
二、學生事務處：設訓育、生活教育、體育、衛生、住宿等組。
三、總務處：設文書、事務、出納等組。
四、實習輔導處：設實習、就業輔導等組。
五、研究發展處：設資訊、研究、推廣、輔具等組。
六、輔導室：設輔導、復健等組。

前項處、室或組之設置，得由各校視實際需要，整合其功能並調整其名稱；其最高設置基準如下：
一、六班以下：設二處及二組。
二、七班至十二班：設三處（室）及九組。
三、十三班至二十四班：設四處（室）及十二組。
四、二十五班以上：設五處（室）及十五組。

前項各行政組織之設置及掌理事項，由各該主管機關核定之。

特殊教育學校員額編制如下：
一、校長：一人。
二、秘書：一人，由校長就編制內專任教師聘兼之。
三、主任、組長：各處、室置主任一人；各組置組長一人。
四、教師：幼兒部及國小部，每班置教師二人；國中部、高中部及高職部，每班置教師三人。
五、導師：
（一）幼兒部、國小部及國中部，每班置導師二人，由教師兼任之。
（二）高中部及高職部，每班置導師一人，由教師兼任之。
六、特殊專才者：依各級學校聘任特殊專才者協助教學辦法規定，由校長聘兼之。
七、教師助理員：每班置一人。但每班人數未達第六條所定最高人數二分之一者，得由各該主管機關視學生障礙程度及服務需求，核准以部分工時進用。
八、住宿生管理員：於設有學生宿舍之學校，置四人；其住宿學生人數超過二十人者，每增加十人，增置二人，但增加之學生以視覺障礙及多重障礙為主者，每增加八人，增置二人。
九、特殊教育相關專業人員及專任輔導教師：依學生需要進用六人至九人，其中專業輔導人員及專任輔導教師，至少應各置一人。
十、營養師、護理人員：除依學校衛生法規定設置外，十五班以上或設有分校者，並得增置護理人員一人。
十一、幹事、助理員、管理員、書記：按同等級學校一般標準配置。
十二、技士、技佐：設有職業類科之學校，視職業類科之實際需要，置技士、技佐一人至三人。
十三、工友、技工、駕駛：
十四、專任運動教練：視實際需要配置從事運動團隊之訓練或比賽指導。

前項第二款之秘書及第三款之主任、組長，除復健組得由專任之特殊教育相關專業人員兼任，及總務處各組組長為專任外，由校長就教師聘兼之。

第一項第八款住宿生管理員，應為高級中等以上學校畢業或具同等學歷之資格，經各校甄審委員會公開甄選進用，並於到職後一個月內，報各該主管機關備查。除職前訓練外，每年並應接受學校或各該主管機關辦理九小時以上之在職訓練。

第一項第九款特殊教育相關專業人員如下：
一、醫師：具有專科醫師資格之醫師。
二、物理治療師、職能治療師、語言治療師及聽力師等專業人員。
三、職業輔導、定向行動等專業人員。
四、專業輔導人員：指具有臨床心理師、諮商心理師或社會工作師證書之人員。

第一項第九款專任輔導教師，應符合學生輔導法施行細則第二條至第四條所定資格。

特殊教育學校設有分校或分部者，另增置主任一人，由教師兼任。

前條第四項第三款職業輔導及定向行動等專業人員，由學校視需要報各該主管機關核准進用，協助辦理學生職場實習、就業輔導或該類課程教學等事項。

公立特殊教育學校設人事室或置人事管理員，依人事機構設置有關規定辦理；設主（會）計室或置主（會）計員，依主計機構人員設置有關規定辦理。

私立特殊教育學校人事人員，得由校長就教師聘兼或由職員專任之；會計人員，依學校財團法人及所設私立學校建立會計制度實施辦法有關規定遴用之。

特殊教育學校得視學生身心障礙程度、設有交通車者或有其他特殊需求，報各該主管機關核准後，增加進用全時或部分工時教師助理員及住宿生管理員，並得以勞動基準法相關規定進用；其工作職責、進用資格、進用方式、教育訓練、督導考核及報酬，由各該主管機關定之。

前項所稱部分工時，指工作時間較特殊教育學校內之全時教師助理員及住宿生管理員工作時間，有相當程度縮短者。

特殊教育學校設校務會議，議決校務重大事項，由校長召集主持之，每學期至少開會一次。校務會議由校長、各單位主管、全體專任教師或教師代表、職員工代表及學生家長會代表組成之，並應邀請學生代表列席會議；其組成及運作方式，由各校定之。

特殊教育學校為推展校務，除法律另有規定外，得經由校務會議議決後，設各種委員會；其組成及任務，由各校定之。

前項校務會議及各種委員會之設置，私立特殊教育學校得另依私立學校法及其相關規定辦理。

特殊教育學校應設學生家長會，由在學學生之法定代理人或實際照顧者為會員組織之，並冠以該校之名稱；其任務、家長委員人數、任期、經費來源、用途、運作及其他相關事項，依各該主管機關之規定辦理。

本標準中華民國一百零一年五月三十一日修正施行前設立之特殊教育學校，未符合本標準者，視實際狀況逐年調整之。

本標準除第十條第一項第八款自中華民國一百十三年八月一日施行外，自發布日施行。