執行單位應建立下列各款制度，並指定專責人員及組織執行之：
一、研發成果管理制度。
二、技術移轉制度。
三、研發成果之會計及稽核制度。

執行單位應通過前項各款制度評鑑；必要時，本部得要求執行單位再次接受評鑑。

執行單位未通過制度評鑑者，本部得限制其執行科技計畫。

執行單位如為公、私立學校者，不受前三項規定之限制。