進入保護區者，應於進入二十一日之前填具申請書，載明進入之目的、期間、範圍、地點等事項，向主管機關提出申請單次或多次之進入，並經許可後，始得進入。但因情況急迫且有正當理由者，不在此限。

於保護區內從事以水下文化資產為標的之活動，應依以水下文化資產為標的之活動管理辦法辦理。