國家安全維護及保防科掌理事項如下：
一、內亂、外患、洩漏國家機密防制工作之規劃、督導、協調及考核。
二、防制境外滲透、社安防護、反恐怖活動、反武器擴散工作之規劃、督導、協調及考核。
三、組織犯罪防制之協同辦理。
四、機密保護工作之規劃、指導、查處及考核。
五、防制滲透資料之蒐集、研析及處理。
六、機關安全防護工作之協調、指導及考核。
七、國民保防教育與宣導之協調、推動及考核。
八、其他有關國家安全維護及保防事項。