醫務組掌理事項如下：
一、全所衛生計畫設施事項。
二、少年之健康檢查事項。
三、傳染病之預防事項。
四、少年疾病之醫治事項。
五、病室之管理事項。
六、藥品調劑、儲備及醫療器材之管理事項。
七、藥物濫用之防治及輔導等事項。
八、少年疾病、死亡之陳報及通知事項。
九、其他醫務事項。

未設醫務組者，前項業務由教導組兼辦。