本分署掌理下列事項：
一、公共污水下水道系統之建設及維護。
二、年度計畫工程之興辦、設計、施工、監造及相關工務行政。
三、新店溪青潭自來水水質水量保護區水源保育及回饋費之業務推動。
四、臺北水源特定區計畫之建築管理。
五、其他有關保護臺北水源特定區水源水質水量管理事項。