機密文件處理規定如下：
一、收到機密文件，應將條碼黏貼於封套上並於電腦系統中登錄，主旨登載密不錄由，且於密件收文簿上登記，送陳主任秘書拆閱分辦。
二、機密文書之收發處理，以專設文簿或電子檔登記為原則，並加註機密等級；如採混合方式，登記資料不得顯示機密之名稱或內容。
三、機密文書之簽擬、陳核（判），應由業務主管或其指定之人員處理，並應儘量減少處理人員層級及程序。
四、分文（交辦）、陳核（判）、送會、送繕、退稿、歸檔等流程，除絕對機密及極機密應由承辦人員親自持送外，其餘非由承辦人員傳遞時，應密封交遞。傳送一般公務機密文書應交指定專責人員或承辦人員親自簽收。
五、各機關對於機密文書之處理，應指定專人會同檔案、資訊、通信、政風等業務承辦人員，實施查核。
六、機密文書對外發文時，應封裝於雙封套內，封套之紙質，須不能透視且不易破裂；內封套左上角加蓋機密等級，並加密封，封口及接縫處須加貼薄棉紙或膠帶並加蓋密字戳記；外封套不得標示機密等級或其他足以顯示內容之註記。體積及數量龐大之機密文件，無法以前述方式封裝者，應作適當之掩護措施。
七、辦理機密文書之簽擬稿、繕印打字時之廢件，或誤繕誤印之廢紙及複寫紙等，應由承辦人員即時銷毀之；不能即時銷毀時，應視同複製品，依國家機密保護法第十八條規定保護之。
八、納入檔案管理之機密文書，應隨時或定期查核，其須變更機密等級或解密者，應即按規定辦理變更或解密手續。