本局收發文編號自每年歲首開始，由第一號起順序編至年終為止，不得重號。
收文之摘由、登記由收發人員鍵入電腦登錄並列印清單（一式兩聯），依各單位職掌由秘書室分文人員分送有關單位辦理；各單位對於分辦之來文，如認為非本單位主辦或不宜主政者，應即依規定一日內於一般文案管理改分逕移主辦單位處理，分文發生困難時，應簽陳主任秘書核示辦理；接獲移文之單位應即會辦或協調分辦，不得退回、改分或再移其他單位處理，如仍認為不宜主政者，應於當日之內敘明理由，專案簽報主任秘書裁決；凡經濟部分辦之文件，經本局總收文人員分至各單位後，如各單位認不屬本局主管業務範圍者，應於工作時間四小時內將簽註意見之移文單或公文改分單，由單位主管以上人員核章，送交本局秘書室，並應副知經濟部。
本局總收文人員除注意例行簽收、拆封、編號外，尤須注意下列各項：
一、公文附件如屬現金或其他有價證券應先送出納單位，其餘貴重或大宗物品，送承辦單位點收保管，並於文內附件項下簽章證明，再行分辦。
二、機密文件應即時陳送主任秘書拆閱及分辦，其註明局長、副局長親啟之文件，亦應於登記簿登記後分別陳送，不得拆封。
三、來文公文封上未註明密件，拆封後始發覺為密件者，應依密件處理，陳送主任秘書分辦。
承辦人員對於文書之擬辦，應查明全案經過，依據法令，作切實具體之簽註；文稿辦妥，應經單位主管審核及有關單位會章後，再行陳判。
本局文書處理應依分層負責明細表之規定，由各層級負責人員核判，不得逾越或廢弛其職掌。
發文人員應完成審查附件、掛號、印章、繕寫信封後，依照公文性質、緩急，分別以普通、限時專送、掛號、快遞電傳、電子郵件或其他方法寄遞。
文件發出後，應由發文人員將原稿及來文送管卷人員編號登記，分類歸檔。但機密文件應置密封套後歸檔。
歸檔案卷，各單位人員如須調卷參考，應填調卷單經單位主管核准，向秘書室調閱；調閱非主管案件，其調卷單應會原單位主管或陳奉主任秘書以上長官核准；機密文件，非經主任秘書以上人員之許可，不得調閱。
本局職員，對於其經辦公文須嚴守保守機密，不得有所洩漏或遺失。
各類公文之處理時限如下：
一、一般公文：
（一）最速件：一日。
（二）速件：三日。
（三）普通件：六日。
（四）限期公文：
（五）涉及政策、法令或需多方會辦、分辦，且需三十日以上方可辦結之複雜案件，得申請為專案管制案件。
（六）專案管制案件或其他特殊性案件之處理時限，各機關得視事實需要自行訂定。
二、立法委員質詢案件：依據立法院職權行使法及行政院暨所屬各機關辦理答復立法委員質詢案件處理原則之規定辦理。
三、人民申請案件：應按其性質，區分類別、項目，分定處理時限，予以管制。
四、人民陳情案件：依據行政程序法第七章及行政機關處理人民陳情案件要點之規定辦理。
五、訴願案件：應依訴願法之規定辦理。
前項第一款處理速別之擬定，發文機關承辦人員應確實區分，各級人員應詳加審核；來文之處理速別與公文性質不符者，得經由收文單位之主管或指定之授權人員核定後，調整來文處理速別。
第一項各款規定之公文處理時限，除限期公文、專案管制案件、訴願案件或其他依法令另有規定者外，均不含假日。
各單位承辦之文件，如案情複雜，須經詳細審核磋商或查考複雜之前案，以及來文定有答復之期限，而不能於前條所定時限內辦理完畢者，得按下列展期之規定，由各級主管斟酌核定：
一、一般公文展期天數七日以內者，由主管科長核定；逾七日至三十日以內者，由單位主管核定；逾三十日以上者，由機關首長核定。
二、限期公文因故不能依限辦理完畢者，應先通知來文單位。
機密文件處理規定如下：
一、收到機密文件，應將條碼黏貼於封套上並於電腦系統中登錄，主旨登載密不錄由，且於密件收文簿上登記，送陳主任秘書拆閱分辦。
二、機密文書之收發處理，以專設文簿或電子檔登記為原則，並加註機密等級；如採混合方式，登記資料不得顯示機密之名稱或內容。
三、機密文書之簽擬、陳核（判），應由業務主管或其指定之人員處理，並應儘量減少處理人員層級及程序。
四、分文（交辦）、陳核（判）、送會、送繕、退稿、歸檔等流程，除絕對機密及極機密應由承辦人員親自持送外，其餘非由承辦人員傳遞時，應密封交遞。傳送一般公務機密文書應交指定專責人員或承辦人員親自簽收。
五、各機關對於機密文書之處理，應指定專人會同檔案、資訊、通信、政風等業務承辦人員，實施查核。
六、機密文書對外發文時，應封裝於雙封套內，封套之紙質，須不能透視且不易破裂；內封套左上角加蓋機密等級，並加密封，封口及接縫處須加貼薄棉紙或膠帶並加蓋密字戳記；外封套不得標示機密等級或其他足以顯示內容之註記。體積及數量龐大之機密文件，無法以前述方式封裝者，應作適當之掩護措施。
七、辦理機密文書之簽擬稿、繕印打字時之廢件，或誤繕誤印之廢紙及複寫紙等，應由承辦人員即時銷毀之；不能即時銷毀時，應視同複製品，依國家機密保護法第十八條規定保護之。
八、納入檔案管理之機密文書，應隨時或定期查核，其須變更機密等級或解密者，應即按規定辦理變更或解密手續。
本局文書處理除本章之規定外，應依行政院訂定之文書處理手冊及文書流程管理手冊之規定辦理。