配合斗六、嘉義地區國內產銷及輸出與輸入商品檢驗及度政業務需要，本分局設斗六及嘉義辦事處，並得於重要港口或地點設辦事處或工作站，各置綜理業務主管一人，由本分局正式編制人員派兼，承分局長之命令辦理有關報驗發證、檢驗及度政等事項，其所需人員由法定編制員額內調配。