本分局分局長綜理分局業務，副分局長襄理分局業務，其掌理事項如下：
一、標準、度量衡、檢驗業務之推行及管理事項。
二、度量衡器之檢定、檢查及校正等實施事項。
三、國內產銷及輸出與輸入農工礦產品之檢驗及技術服務事項。
四、品質保證制度之推行、審核及管理事項。
五、標準、度量衡、檢驗與品質保證等國際合作業務之執行及資料蒐集、供應事項。
六、驗證體系及產品標誌之推行事項。
七、其他有關標準、度量衡、檢驗及品質保證事項。
本分局設第一課、第二課、第三課、第四課、第五課、第六課、秘書室、人事室、會計室、政風室等單位。
第一課置課長一人，其掌理事項如下：
一、機械、電機、電子類產品檢驗業務之推行及管理事項。
二、國內產銷及輸出與輸入機械、電機、電子類產品之檢驗及技術服務事項。
三、檢驗（試驗）儀器之籌劃與管理維護等事項。
四、機械、電機、電子類產品之委託試驗及特約檢驗執行事項。
五、配合總局執行機械、電機、電子類產品檢驗與品質保證等國際合作有關業務。
六、機械、電機、電子類產品驗證標誌之推行事項。
七、機械、電機、電子類產品正字標記品管評鑑及產品檢驗等工作相關事項。
八、本課主管業務之檢驗法規、作業程序、標準、訓練及方法之研究改進、蒐集與建議事項。
九、本分局國內產銷商品檢驗綜合事項之執行。
十、本課主管業務之疑義，免驗查詢等事項。
十一、本課主管之工作計畫、報告、表報、文稿之撰擬、收發登記事項。
十二、其他臨時交辦事項。
第二課置課長一人，其掌理事項如下：
一、化工類產品檢驗業務之推行及管理事項。
二、國內產銷及輸出與輸入化工類產品檢驗及技術服務事項。
三、化工類產品委託試驗及特約檢驗執行事項。
四、配合總局執行化工類產品檢驗與品質保證等國際合作有關業務。
五、化工類產品驗證標誌之推行事項。
六、化工類產品正字標記品管評鑑及產品檢驗等工作相關事項。
七、本課主管業務之檢驗法規、作業程序、標準、訓練及方法之研究改進、蒐集與建議事項。
八、本分局品保、正字標記綜合業務等事項之執行及相關業務諮詢服務。
九、檢驗（試驗）儀器、藥品、器材之籌劃與管理維護等事項。
十、本課主管業務之疑義，免驗查詢等事項。
十一、本課主管之工作計畫、報告、表報、文稿之撰擬、收發登記事項。
十二、其他臨時交辦事項。
第三課置課長一人，其掌理事項如下：
一、農、畜、水產品及其加工調製食品檢驗業務之推行及管理事項。
二、國內產銷及輸出與輸入農、畜、水產品及其加工調製食品檢驗及技術服務事項。
三、農、畜、水產品及其加工調製食品委託試驗及特約檢驗執行事項。
四、配合總局執行農、畜、水產品及其加工調製食品檢驗、品保、環管及產品驗證作業相關事項。
五、本課主管業務之檢驗法規、作業程序、標準、訓練及方法之研究改進、蒐集與建議事項。
六、本課正字標記業務事項之執行及相關業務諮詢服務。
七、農、畜、水產品及其加工調製食品不合格之處理事項。
八、農、畜、水產品及其加工調製食品檢驗及品質管制廠商諮詢答復事項。
九、檢驗（試驗）儀器、藥品、器材之籌劃與管理維護等事項。
十、農、畜、水產品及其加工調製食品檢（試）驗資料之搜集、整理、統計、分析事項。
十一、本課主管之工作計畫、報告、表報、文稿之撰擬、收發登記事項。
十二、其他臨時交辦事項。
第四課置課長一人，其掌理事項如下：
一、度量衡器檢定業務之推行及管理事項。
二、度量衡違規案件之取締事項。
三、本課主管度量衡器檢定業務法規、作業程序、施檢規範、訓練、檢定技術及方法之研究改進、蒐集與建議事項。
四、檢定設備之籌劃與管理維護等事項。
五、標準器之管理維護及送校等事項。
六、本課主管度量衡器檢定業務之疑義查詢事項。
七、本課主管之工作計畫、報告、表報、文稿之撰擬、收發登記事項。
八、其他臨時交辦事項。
第五課置課長一人，其掌理事項如下：
一、度量衡業務之推行、宣導及管理事項。
二、度量衡器之檢查、校正實施等事項。
三、度量衡器檢查資料之蒐集、計畫之擬訂、執行及成果統計編報事項。
四、度量衡器糾紛案件之調查處理事項。
五、度量衡違規案件之取締事項。
六、本課主管度量衡器檢查技術、法規、作業程序、訓練、檢校技術及方法之研究改進、蒐集與建議事項。
七、檢校設備之籌劃與管理維護等事項。
八、本分局實驗室認證體系綜合業務之執行及相關業務之諮詢服務事項。
九、本課主管之工作計畫、報告、表報、文稿之撰擬、收發登記事項。
十、其他臨時交辦事項。
第六課置課長一人，其掌理事項如下：
一、受理各類報驗發證業務之推行及管理事項。
二、應施檢驗商品申請免驗案件之核辦及追蹤管理事項。
三、核發各類證書使用之鋼印、印戳及鉛封機、樣章等管理事項。
四、檢驗商品核發各項證書與不合格通知書及檢驗資料、證書等之保管事項。
五、各類規費之核收、催繳事項。
六、應施檢驗商品之廠商印鑑卡之核辦、輸出品產地證明書之核發。
七、各類標識、檢定合格單、鉛塊（餅）之領取、管理、分配與使用統計事項。
八、違規案件處分書之送達及罰款催繳事項。
九、檢驗制度、檢驗行政之研究、改進與建議事項。
十、標準資料之提供、消費者服務與業者意見調查及聯繫溝通等事項。
十一、本課主管之工作計晝、報告、表報、文稿之撰擬、收發登記事項。
十二、其他臨時交辦事項。
秘書室置秘書三人或四人，其中一人主導秘書幕僚參謀作業，並綜核文稿，其餘秘書兼辦依本分局特性予以分工，負責督導、審核及主導規劃各課（辦事處）業務，其掌理事項如下：
一、會議決議案執行情形之彙辦及列管、追蹤等事項。
二、業務上重大案件向分局長提報事項。
三、施政計畫、工作報告之彙編或審議事項。
四、公文、電子文件與機密文件之撰擬及文書改革計劃之推行事項。
五、綜核文稿事項。
六、各類業務視察訪問之安排及資料之彙編事項。
七、公共關係及記者會業務事項。
八、法制業務事項。
九、公文稽查事項。
十、為民服務與便民業務之督導考核事項。
十一、新聞資料之發布及相關雜誌編輯與發行事項。
十二、本分局各類圖書期刊、技術文件之建檔管理、清點、催還等事項。
十三、課室間業務之連繫、協調事項。
十四、文書總收發、登記、公文繕校、檔案管理、印信典守事項。
十五、員工薪津表冊之編造、發放及法定稅捐、保險費之扣繳事項。
十六、現金、票據、有價證券之出納、保管、登記事項。
十七、會議召開與會議室佈置事項。
十八、物品之請購、採辦、保管、出納及各類規費收繳（包括收繳正字標記申請費及證書費）事項。
十九、公有財產之登記、保管、養護事項。
二十、車輛管理及油料保管、領發事項。
三十、不屬於其他課室事項。
人事室置主任一人，其掌理事項如下：
一、人事規章及人事興革之研究、策劃、建議事項。
二、組織編制、辦事細則及分層負責之研擬事項。
三、本分局職員任免、遷調及職務歸系之擬辦事項。
四、本分局職員考試、銓審、動態、試用及留職停薪之擬辦事項。
五、本分局職員考績（平時考核）、獎懲之擬辦事項。
六、退休（資遣）、撫卹、訓練、進修、實習及出國案件之擬辦事項。
七、勤惰、差假管理事項。
八、值日人員之編排及變更辦公時間之擬議事項。
九、待遇、福利、保險、文康活動暨各項慶典之擬辦事項。
十、人事資料之登記、移轉、管理及人事證明書、職員錄等事項。
十一、本室人事人員之任免、獎懲、考績之擬議事項。
十二、本室工作計畫、工作報告及文稿之撰擬、收發登記事項。
十三、其他有關人事管理事項。
十四、其他臨交辦事項。
會計室置主任一人，其掌理事項如下：
一、會計統計業務之策劃推進及制度研究改進之擬議事項。
二、歲入（出）概（預）算、分配預算之彙編、預備金動支之擬議及決算書編製事項。
三、經費支用之查核、收支憑證審核及經費流用擬議事項。
四、預算執行進度查核、財務上增進效能之研究建議及減少不經濟支出之擬議事項。
五、傳票及付款憑單編製、會計簿籍記載、會計報告編製及原始憑證之保管、送審等事項。
六、統計資料之蒐集、整理、分析、保管及報表編製、圖表設計、繪製等事項。
七、本室編制內人員之任免、遷調及考核之擬議事項。
八、其他臨時交辦事項。
政風室置主任一人，其掌理事項如下：
一、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
二、維護機關設施安全及協助處理陳情請願事項。
三、公務機密維護及處理洩密案件。
四、公職人員財產申報事項。
五、政風興革建議事項。
六、本室政風人員之職務歸系、任免、遷調及考核之擬議事項。
七、其他臨時交辦事項。
配合斗六、嘉義地區國內產銷及輸出與輸入商品檢驗及度政業務需要，本分局設斗六及嘉義辦事處，並得於重要港口或地點設辦事處或工作站，各置綜理業務主管一人，由本分局正式編制人員派兼，承分局長之命令辦理有關報驗發證、檢驗及度政等事項，其所需人員由法定編制員額內調配。