水源科掌理事項如下：
一、水資源水量及水質之調查評估。
二、各標的用水之調查分析。
三、水資源開發工程計畫之調查規劃。
四、多元化水資源之調查規劃。
五、區域水資源聯合運用之規劃研究。
六、水資源環境保護及生態之調查規劃。
七、其他有關水源事項。