排水科掌理事項如下：
一、中央管區域排水、地方重大區域排水整體治理工程之調查規劃及計畫之擬訂。
二、區域排水治理技術之研究發展。
三、區域排水生態環境之調查規劃。
四、區域排水設施範圍之圖籍製作及建檔維護。
五、其他有關區域排水事項。