主管機關權責劃分如下：
一、中央主管機關：
（一）工廠管理輔導法令及工廠設廠標準之擬訂或訂定。
（二）全國及各行業別工廠之調查。
（三）申請抄錄全國工廠登記資料之核准。
（四）擇定行業別，對工廠實施輔導。
（五）違反本法規定工廠處理之查核及督導。
（六）科學工業園區、加工出口區、自由貿易港區、農業科技園區及其他經行政院核定之特定區內工廠之設立許可、登記、管理及輔導。
（七）其他與工廠管理相關業務之輔導及監督事項。
二、直轄市、縣（市）主管機關：
（一）辦理工廠設立許可、登記及其撤銷、廢止。
（二）轄區內工廠之調查。
（三）申請抄錄及證明轄區內工廠登記資料之核准。
（四）轄區內工廠輔導之實施。
（五）轄區內工廠違反本法規定之處理。
（六）其他經中央主管機關指定之事項。