申請人依核定之工廠改善計畫完成改善後，應提出特定工廠登記申請書，檢附下列文件，向直轄市、縣（市）主管機關申請特定工廠登記：
一、屬低污染事業且為環保法令管制之事業種類、範圍及規模者，應依環境影響評估法、水污染防治法、空氣污染防制法、廢棄物清理法、毒性及關注化學物質管理法、土壤及地下水污染整治法（以下簡稱土污法）或其他環保法令管制之類別，分別檢附環境保護主管機關出具之各項核准或許可證明文件。
二、出具消防主管機關核發符合各類場所消防安全設備設置標準、公共危險物品及可燃性高壓氣體製造儲存處理場所設置標準暨安全管理辦法之審查查驗核准或證明文件。
三、合法水源相關證明文件。
四、廢污水排放許可或同意文件。
五、位於山坡地範圍，經認定須擬具水土保持計畫者，應檢附完工證明文件。
六、已達供公眾使用建築物標準者，應檢附建築物結構安全證明書或鑑定報告書。
七、屬本法第十五條第五款規定有設廠標準之工廠，符合其設廠標準之相關說明。
八、屬本法第十五條第六款規定產品者，應檢附該法令主管機關出具之許可文件。
九、其他依核定工廠改善計畫應檢附之文件或主管機關指定之文件。

直轄市、縣（市）主管機關審查前項申請案時，應邀集環境保護、消防、水利、水土保持或相關機關組成聯合審查小組，或以加會、併行審查之方式進行審查，並應辦理現場會勘。審查期間以六個月為限。

第一項申請文件有不齊全或其他應補正事項者，直轄市、縣（市）主管機關應通知申請人限期補正；屆期不補正者，應以書面駁回其申請。補正期間不計入前項之審查期間。

未於中華民國一百十九年三月十九日前取得特定工廠登記者，其工廠改善計畫之核定自期限屆滿之日起失其效力。