本辦法依工廠管理輔導法（以下簡稱本法）第二十八條之五、第二十八條之六及第二十八條之七第三項規定訂定之。
未登記工廠符合下列條件者，至遲應於中華民國一百十一年三月十九日前向工廠所在地之直轄市、縣（市）主管機關申請納管：
一、一百零五年五月十九日前已從事物品製造、加工，且申請時仍持續中。
二、屬低污染事業。
三、產品非屬依法令禁止製造。
四、非屬經濟部（以下簡稱本部）基於環境保護或安全考量公告不宜設立工廠。
五、非屬所在地直轄市、縣（市）主管機關報請本部同意公告不宜設立工廠。
前項第二款所稱低污染事業，指非屬本部公告低污染認定基準負面表列之行業及製程。
第一項第四款及第五款所稱不宜設立工廠者，應公布於本部網站。
直轄市、縣（市）主管機關得知第一項應申請納管之工廠者，得以書面通知其申請納管。
依前條第一項申請納管之工廠，申請時應檢附下列文件，並依第五條規定繳交納管輔導金：
一、納管申請書。
二、公司或商業登記證明文件。
三、工廠負責人身分證影本；如為華僑或外國人，檢附在臺設定居所證明文件。
四、最近三個月內工廠現場照片，及工廠座落土地之土地登記簿謄本、地籍圖謄本，並標示出廠地與建築物位置。
五、於中華民國一百零五年五月十九日以前既有建物及從事物品製造、加工事實之證明文件。
六、最近一年內經查復非位於本部公告不宜設立工廠地區之下列文件：
（一）內政部國土管理署環境敏感地區單一窗口查詢平台查詢之環境敏感地區應免查範圍資料；如有應查範圍者，則附應查範圍之查復文件或逕向各區位劃設主管機關申請之查復文件。
（二）本部網站所列農產業群聚地區之查詢結果。
前項第五款及第六款之應檢附文件，得於申請後六個月內補正；其他應檢附文件有應記載事項缺漏、或文件不齊全者，直轄市、縣（市）主管機關應通知申請人限期補正，補正期間不得超過三十日。屆期未補正者，應以書面駁回納管申請，其已繳交之納管輔導金，不予退還。
前條第一項第五款所稱於中華民國一百零五年五月十九日以前既有建物及從事物品製造、加工事實之證明文件，指下列文件：
一、既有建物之事實：一百零五年五月十九日以前拍攝之航照圖。必要時，直轄市、縣（市）主管機關得命申請人提出以下文件之一：
（一）接（用）水或接（用）電證明。
（二）地形圖、都市計畫現況圖、都市計畫禁建圖。
（三）建物使用執照。
（四）房屋稅單、稅籍證明或房屋完納稅捐證明。
（五）建物登記證明。
（六）未實施建築管理地區建物完工證明書。
（七）載有該建物資料之土地使用現況調查清冊或卡片之謄本。
（八）戶口遷入證明。
二、從事物品製造、加工之事實，指下列文件之一：
（一）臺灣電力股份有限公司用電種類為裝置電力、需量電力或表燈營業用電之電費單據或其所出具之證明，且地址應與廠址相符。
（二）向稅捐單位申報之年度營利事業所得稅申報書（損益及稅額計算表），且其申報營業地址與廠址相符。
（三）購買技術所支付之權利金、授權金與技術支援、顧問、生產用機器、設備及其他相關費用證明，且其地點與廠址相符。
（四）工業團體會員登記資料，且其登記地址與廠址相符。
（五）其他經直轄市、縣（市）主管機關審認足資證明之文件。
前項證明文件，得以提出足資認定於中華民國一百零五年五月十九日前於廠址內從事物品製造、加工事實之行政或司法機關製作之文書、處分書或裁判書替代之，但前項第一款之航照圖仍應檢附。
申請人應每年繳交納管輔導金予直轄市、縣（市）主管機關或其指定之代收機構，至取得特定工廠登記為止。
申請人於中華民國一百零九年三月二十日起第一年申請納管者，應一次繳清第一年納管輔導金；於第二年申請納管者，應一併補繳交第一年之納管輔導金。申請納管後，應於每年三月十九日前繳交當年度納管輔導金。
第一項納管輔導金依第三條第一項第一款納管申請書記載之廠地面積計算：面積在三百平方公尺以內者，繳交新臺幣二萬元；超過三百平方公尺者，每增一百平方公尺，加計新臺幣五千元；不足一百平方公尺者，以一百平方公尺計算。但每件每年最高繳交金額以新臺幣十萬元為限。
申請人取得特定工廠登記當年之納管期間不滿一年者，納管輔導金按實際納管日數占全年日數之比例計收。
申請人未依前四項規定繳交納管輔導金者，直轄市、縣（市）主管機關應通知其於三十日內補繳，屆期未依規定繳交者，應以書面駁回納管申請；其工廠改善計畫經核定者，應予以廢止。
第二條申請納管案件有下列情形之一者，直轄市、縣（市）主管機關應以書面予以駁回：
一、逾中華民國一百十一年三月十九日始提出申請納管。
二、不符合第二條第一項納管條件。
三、逾一百十二年三月十九日未提出工廠改善計畫；或經核定之工廠改善計畫遭撤銷或廢止。
四、其他不符合納管規定。
依前項駁回納管申請者，其已繳交之納管輔導金，不予退還。但有下列原因遭駁回者，應予退還：
一、有前項第一款情形。
二、屬本部或直轄市、縣（市）主管機關公告不宜設立工廠者。
直轄市、縣（市）主管機關應將第二條申請納管及前條第一項駁回情形，通知環境保護、水利、水土保持、消防、建築管理、地政、都市計畫、農業及其他有關機關。
經申請納管之申請人至遲應於中華民國一百十二年三月十九日前，向工廠所在地之直轄市、縣（市）主管機關提出工廠改善計畫，並檢附下列文件：
一、最近三個月內土地登記簿謄本及地籍圖謄本，其比例尺不小於一千二百分之一；其屬都市計畫範圍內之土地，另檢附土地使用分區證明。
二、廠地位置圖及土地使用現況配置圖（另附土地清冊及現場照片）。
三、建築物配置平面簡圖及建築物面積計算表；如領有使用執照者，併附使用執照。
四、機器設備配置圖（加註使用電力容量、熱能），得與前款之建築物配置平面簡圖合併繪製。
五、主要產品製造流程圖。
六、建築物或廠地非自有者，檢附所有權人同意書或租賃契約；如建築物或廠地屬公有者，檢附申請人與公有不動產管理機關訂定之公有不動產合法使用（限建築使用）權利證明文件。
七、其他中央主管機關規定之文件。
前項應檢附文件不齊全，或工廠改善計畫依第九條規定應記載事項有缺漏者，直轄市、縣（市）主管機關應通知申請人限期補正。申請人逾中華民國一百十二年三月十九日仍未補正者，應以書面駁回納管申請，其已繳交之納管輔導金，不予退還。
直轄市、縣（市）主管機關審查期間如逾中華民國一百十二年三月十九日者，其通知補正期間不得超過六十日。
前條工廠改善計畫，應記載下列事項：
一、廠名、廠址。
二、工廠負責人姓名及其住所或居所。
三、產業類別。
四、主要產品。
五、生產設備之使用電力 容量、熱能及用水量。
六、廠房及建築物面積。
七、廠地座落使用分區、編定用地別、地號及面積。
八、屬低污染事業之說明，及環境改善措施，包括廢（污）水處理及排放機制之規劃。
九、消防安全改善措施。
十、因廠地範圍、位置、作業場所或產品，為下列各該法令管制者，應分別提出改善措施：
（一）為環保法令管制之事業種類、範圍及規模。
（二）位於山坡地範圍，經認定須擬具水土保持計畫。
（三）已達供公眾使用建築物標準。
（四）定有設廠標準之工廠。
（五）屬公共危險物品及可燃性高壓氣體製造儲存處理場所設置標準暨安全管理辦法規定之製造、儲存或處理場所。
（六）用水量達水利法第五十四條之三規定，其用水計畫須經中央主管機關核定。
十一、預計改善期限。
十二、其他中央主管機關指定之事項。
申請人如擬變更或增加其他低污染產業類別者，應於工廠改善計畫中一併載明。
直轄市、縣（市）主管機關辦理第八條工廠改善計畫之審查時，應邀集環境保護、消防、水利、水土保持或相關機關組成聯合審查小組，或以加會、併行審查之方式進行審查，並得辦理現場會勘。
前項審查期間以六個月為限；必要時，得延長六個月，並以一次為限，但申請人依第八條第二項補正期間不計入審查期間。
直轄市、縣（市）主管機關如因申請案數量眾多，有延長審查期限之必要者，得報請本部同意延長之。
直轄市、縣（市）主管機關核定工廠改善計畫，應以書面通知申請人並命其於核定之日起二年內改善完成。
直轄市、縣（市）主管機關核定工廠改善計畫時，得附加負擔事項。
申請人未於第一項期間內改善完成，且有正當理由者，得於改善期限屆滿前三個月之前申請展延。但展延期間不得超過中華民國一百十九年三月十九日。
前項審查期間以三個月為限。
工廠改善計畫經核定後，如有下列情形之一，申請人應向直轄市、縣（市）主管機關申請變更；其有展延原核定改善期間者，應一併提出申請：
一、減少廠地、廠房或建築物面積。
二、增加或減少低污染產業類別及主要產品。
三、適用法規修正。
前項各款審查，依第十條規定辦理。
經核定之工廠改善計畫，有下列情形之一者，直轄市、縣（市）主管機關應以書面予以撤銷或廢止，已繳交之納管輔導金不予退還：
一、核定工廠改善計畫後，發現申請文件不符規定。
二、發生重大環境污染、重大工安事故，致嚴重影響鄰近工廠或民眾安全。
三、增加或變更為非屬低污染之產業類別及產品。
四、未依前條申請變更，經限期改善而未改善。
五、改善期間有本法第二十條歇業之情形。
六、逾第十一條改善期限未改善完成，或未履行同條第二項之負擔，經直轄市、縣（市）主管機關限期改正，屆期未改正。
直轄市、縣（市）主管機關應將前三條之處理結果，通知環境保護、消防、水利、水土保持、建築管理、地政、都市計畫、農業及其他有關機關。
申請人依核定之工廠改善計畫完成改善後，應提出特定工廠登記申請書，檢附下列文件，向直轄市、縣（市）主管機關申請特定工廠登記：
一、屬低污染事業且為環保法令管制之事業種類、範圍及規模者，應依環境影響評估法、水污染防治法、空氣污染防制法、廢棄物清理法、毒性及關注化學物質管理法、土壤及地下水污染整治法（以下簡稱土污法）或其他環保法令管制之類別，分別檢附環境保護主管機關出具之各項核准或許可證明文件。
二、出具消防主管機關核發符合各類場所消防安全設備設置標準、公共危險物品及可燃性高壓氣體製造儲存處理場所設置標準暨安全管理辦法之審查查驗核准或證明文件。
三、合法水源相關證明文件。
四、廢污水排放許可或同意文件。
五、位於山坡地範圍，經認定須擬具水土保持計畫者，應檢附完工證明文件。
六、已達供公眾使用建築物標準者，應檢附建築物結構安全證明書或鑑定報告書。
七、屬本法第十五條第五款規定有設廠標準之工廠，符合其設廠標準之相關說明。
八、屬本法第十五條第六款規定產品者，應檢附該法令主管機關出具之許可文件。
九、其他依核定工廠改善計畫應檢附之文件或主管機關指定之文件。
直轄市、縣（市）主管機關審查前項申請案時，應邀集環境保護、消防、水利、水土保持或相關機關組成聯合審查小組，或以加會、併行審查之方式進行審查，並應辦理現場會勘。審查期間以六個月為限。
第一項申請文件有不齊全或其他應補正事項者，直轄市、縣（市）主管機關應通知申請人限期補正；屆期不補正者，應以書面駁回其申請。補正期間不計入前項之審查期間。
未於中華民國一百十九年三月十九日前取得特定工廠登記者，其工廠改善計畫之核定自期限屆滿之日起失其效力。
前條第一項申請特定工廠登記，經審查完成工廠改善者，直轄市、縣（市）主管機關應通知申請人繳交當年營運管理金及特定工廠登記費用。申請人完成繳交後，予以特定工廠登記，並準用第十四條規定通知各相關機關。
前項營運管理金得以應退還之納管輔導金抵充之。
申請人應自特定工廠登記之日起，每年繳交營運管理金予直轄市、縣（市）主管機關或其指定之代收機構，至取得土地及建築物合法使用之證明文件，或特定工廠登記失效之日止。
前項每年期間自當年三月二十日至次年三月十九日止；其不滿一年者，按登記日數占全年日數之比例計收。
申請人於特定工廠登記後，應於每年三月十九日前繳交當年度之營運管理金。
第一項營運管理金之計算，工廠廠地面積在三百平方公尺以內者，繳交新臺幣二萬元；超過三百平方公尺者，每增一百平方公尺，加計新臺幣五千元；不足一百平方公尺者，以一百平方公尺計算。但每件每年最高繳交金額以新臺幣十萬元為限。
申請人未依前四項規定繳交營運管理金者，直轄市、縣（市）主管機關應通知其於三十日內補繳，屆期未依規定繳交者，應廢止其特定工廠登記。
經補辦臨時登記之工廠屬低污染事業，且非屬本部公告不宜設立工廠者之第一項至第二十七項地區及所在地直轄市、縣（市）公告不宜設立工廠者，至遲應於中華民國一百十一年三月十九日前，在原臨時登記事項範圍內，向直轄市、縣（市）主管機關申請特定工廠登記。
依前項申請時，申請人應檢附下列文件：
一、臨時登記工廠申請特定工廠登記申請書。
二、最近一年內經查復非位於本部公告不宜設立工廠之第一項至第二十七項地區之下列文件：
（一）內政部國土管理署環境敏感地區單一窗口查詢平台查詢之環境敏感地區應免查範圍查詢文件。
（二）如有應查範圍者，則附應查範圍之查復文件或逕向各區位劃設主管機關申請之查復文件。
三、屬土污法第九條公告事業者，檢具土壤污染評估調查及檢測資料。但其產業類別、運作或營業用地範圍未有變更者，得檢附證明文件，申請免採樣檢測。
前項申請案有應檢附文件不齊全或其他應補正事項者，直轄市、縣（市）主管機關應通知申請人限期補正。申請人逾中華民國一百十一年三月十九日仍未補正者，應以書面駁回其申請。
直轄市、縣（市）主管機關審查期間如逾中華民國一百十一年三月十九日者，其通知補正期間不得超過三十日。
直轄市、縣（市）主管機關審查第一項申請案，除有第二十條應予以駁回之情形外，應通知申請人繳交特定工廠登記費用及依前條規定繳交營運管理金，辦理特定工廠登記。
前項審查期間以三個月為限。但申請人依第三項補正期間不計入審查期間。
經補辦臨時登記之工廠非屬低污染事業，且非屬本部及所在地直轄市、縣（市）公告不宜設立之工廠者，至遲應於中華民國一百十一年三月十九日前，在原臨時登記事項範圍內，向直轄市、縣（市）主管機關申請特定工廠登記。
依前項申請時，申請人應檢附下列文件：
一、臨時登記工廠申請特定工廠登記申請書。
二、最近一年內經查復非位於本部公告不宜設立工廠地區之下列文件：
（一）內政部國土管理署環境敏感地區單一窗口查詢平台查詢之環境敏感地區應免查範圍查詢文件；如有應查範圍，則附應查範圍之查復文件或逕向各區位劃設主管機關申請之查復文件。
（二）本部網站所列農產業群聚地區之查詢結果。
三、屬土污法第九條公告事業者，檢具土壤污染評估調查及檢測資料。但其產業類別、運作或營業用地範圍未有變更者，得檢附證明文件，申請免採樣檢測。
第一項申請之補正程序，準用前條第三項及第四項之規定。
第一項申請案，直轄市、縣（市）主管機關得會同直轄市、縣（市）環境保護、農業及相關機關於三個月內實地勘查。如需改善者，直轄市、縣（市）主管機關應以書面通知申請人於三個月內改善完成，並副知本部協助提供污染防治技術輔導。申請人未於改善期間內完成改善者，申請人得於期間屆滿前申請展延；展延次數以一次為限，且不得超過三個月。屆期未改善者，應以書面駁回申請。
申請人改善完成，應檢附相關文件或說明提送直轄市、縣（市）主管機關。直轄市、縣（市）主管機關應召集環境部、本部、直轄市、縣（市）環境保護、農業等機關，必要時得邀集農業部農田水利署，組成專案審查小組，在原臨時登記事項範圍內，依下列審查基準，實地勘查認定：
一、污染防治設備功能足夠並測試合格。
二、水污染防治設施應裝設自動監測與環保機關連線，其設置申請、審核及數據處理作業等規範應依水污染防治措施及檢測申報管理辦法自動監測（視）設施管理相關規定辦理：
（一）於用水（自來水或地下水）來源端或用水貯存區進入製程前及環保主管機關核定之放流口前設置水量自動監測設備。
（二）於污染防治設備用電機房處設置電子式電度錶（不同用電來源分別設置）。
（三）於環保主管機關核定之放流口應設置水溫、氫離子濃度指數、導電度、化學需氧量及懸浮固體自動連續監測設備，並設置攝錄影監視設備。
不符合前項審查基準者，直轄市、縣（市）主管機關應通知申請人限期改善；如審查期間逾中華民國一百十一年三月十九日者，其通知補正期間不得超過六十日。屆期未改善或仍不符前項審查基準，應以書面駁回其申請。
申請人通過專案審查小組認定後，直轄市、縣（市）主管機關應通知申請人繳交特定工廠登記費用及依第十七條規定繳交營運管理金，辦理特定工廠登記，並得視申請案實際情形附加下列負擔：
一、定期更新污染防治設備。
二、設置環保專責單位或人員妥善管理及操作污染防治（制）設備。
三、提高污染物排放自主監測頻率。
四、訂定環境污染事件緊急應變及處置計畫。
五、其他限制或要求。
第二項至第六項審查期間以六個月為限；必要時，得延長六個月，並以一次為限。但申請人依第三項、第四項及第六項補正及改善期間，不計入審查期間。
前二條申請案，有下列情形之一者，應以書面駁回：
一、逾中華民國一百十一年三月十九日提出申請。
二、經補辦臨時登記之工廠屬低污染事業，其位於本部公告不宜設立工廠者第一項至第二十七項地區，或屬直轄市、縣（市）主管機關公告不宜設立工廠。
三、經補辦臨時登記之工廠非屬低污染事業，屬本部或直轄市、縣（市）主管機關公告不宜設立工廠。
經補辦臨時登記之工廠依第十八條及第十九條提出申請特定工廠登記時，得向直轄市、縣（市）主管機關申請開立受理申請特定工廠登記之證明文件，作為目的事業主管機關證明文件，於取得特定工廠登記前向其他目的事業主管機關申請各類許可或證明。
特定工廠登記事項除有本法第二十八條之九第一項規定不得變更之情形外，有變更時，應辦理變更登記。
取得特定工廠登記業者有下列情形之一者，直轄市、縣（市）主管機關應以書面撤銷或廢止其特定工廠登記：
一、本法第二十條歇業之情形。
二、本法第二十五條第一項各款所定情事之一。
三、本法第二十八條之九第一項各款所定情事之一，經限期改善而屆期未改善。
四、依第十五條第一項檢附之證明文件經相關主管機關通知撤銷、廢止或失效，且經直轄市、縣（市）主管機關限期補正而屆期未補正或補正不完全。
五、未履行第十九條第七項之負擔，經直轄市、縣（市）主管機關限期改正而屆期未改正。
取得特定工廠登記業者有發生重大環境污染、重大工安事故，致嚴重影響鄰近工廠或民眾安全者，直轄市、縣（市）主管機關得廢止其特定工廠登記。
直轄市、縣（市）主管機關應將第十八條至第二十條及前二條之處理結果，通知環境保護、水利、水土保持、消防、建築管理、地政、都市計畫、農業、勞動及其他有關機關。
特定工廠登記之有效期間，自核准登記日起至中華民國一百二十九年三月十九日止。
未登記工廠有下列情形之一者，直轄市、縣（市）主管機關應依本法第二十八條之一規定處理：
一、申請納管依第三條第二項、第五條第五項、第六條第一項或第八條第二項規定駁回，且逾中華民國一百十一年三月十九日未再提出申請。
二、工廠改善計畫之核定依第十三條或第十五條第四項規定撤銷、廢止或失效。
三、經補辦臨時登記之工廠申請特定工廠登記依第十八條第三項、第十九條第三項、第四項或第六項，或第二十條規定駁回。
四、特定工廠登記依第十七條第五項或第二十三條規定撤銷或廢止。
同一廠址設置二家以上未登記工廠時，應分別依本辦法規定申請納管、提出工廠改善計畫及申請特定工廠登記。
本部得將依本辦法申請納管案件、特定工廠登記數量、處理情形及其他統計資訊，公布於本部網站。
特定工廠之登記及抄錄、證明、查閱、影印等相關規費，依申請工廠設立許可及登記事項收費標準收取。
本辦法所定之納管申請書、特定工廠登記申請書、臨時登記工廠申請特定工廠登記申請書、特定工廠變更登記申請書及其審查表之格式，由本部定之。
本辦法自中華民國一百零九年三月二十日施行。
本辦法中華民國一百十二年十月三十日修正發布條文，自發布日施行。