執行單位執行科技專案依約所產生收支互抵後屬本部之淨收益，應全數交由本部或所屬機關繳交國庫。

執行單位執行科技專案辦理實驗生產者，本部或所屬機關得要求執行單位分別建立附屬作業會計制度，單獨計算損益。