依前條規定與本部或所屬機關簽約執行科技專案者（以下簡稱執行單位），應依約定期提交下列工作報告送本部或所屬機關進行審查：
一、執行創新前瞻類科技專案者，應提交半年工作報告及年度執行報告。
二、執行關鍵類及環境建構類科技專案者，應提交工作季報、年度執行報告及全程執行總報告。

科技專案執行期間，本部或所屬機關於必要時得依約進行查證，派員實地查訪或查核帳目，執行單位不得拒絕。

本部或所屬機關依前項查證結果或科技專案執行進度，得進行審議，依約調整各該科技專案之工作項目或經費、終止或解除契約。

本部或所屬機關應依約分期撥付補助經費予執行單位。但經本部或所屬機關專案核准者，得一次撥付全額經費。

第一期經費經執行單位提出申請者，本部或所屬機關得於簽約當日或之後先行撥付之；自第二期起之經費，應由執行單位檢具前期工作報告及其他指定文件，向本部或所屬機關申請撥款，本部或所屬機關應於申請函件送達後審核撥付。

科技專案之變更，應符合下列各款規定：
一、本部或所屬機關因情事變更而認定有變更執行內容或調整期間之必要者，得於通知執行單位後，依約逕行辦理變更。
二、於符合原定科技專案目標之原則下，執行單位認定有變更執行內容或調整期間之必要者，除應報本部或所屬機關同意事項外，由執行單位依約逕行辦理變更。

前項科技專案變更應報本部或所屬機關同意事項，由本部或所屬機關另定之。

執行單位執行科技專案，其經費收支應依約設專戶儲存並單獨設帳管理，定期編製經費支用報表送本部或所屬機關審核。

科技專案經費包括人事費、業務費、旅運費、維護費、材料費、設備使用費、設備費、管理費及其他項目。

前項規定各項目之費用，執行單位應以實際發生數檢據核銷；如有節餘經費，應繳交國庫。但其他項目中得包含績效獎勵，以領據方式核銷。

執行單位執行科技專案依約所產生收支互抵後屬本部之淨收益，應全數交由本部或所屬機關繳交國庫。

執行單位執行科技專案辦理實驗生產者，本部或所屬機關得要求執行單位分別建立附屬作業會計制度，單獨計算損益。

本部或所屬機關依本辦法推動各項科技專案研究計畫時，得將政府經費所購置之研究設施及設備，提供執行單位於計畫執行範圍內進行業務上之必要使用。

執行單位得以產學研合作方式共同開發技術或創新模式。

本部或所屬機關得要求執行單位訂定相關計畫或機制，從事與其他產業界、學術或研究機構之合作，以有效整合研究資源，共同推動產業創新及研究發展。

科技專案產學研合作之金額超過計畫總經費百分之五十者，執行單位應以專案方式報經本部或所屬機關核准。本部或所屬機關應公開其計畫相關資訊。

執行單位得以國際合作方式引進或共同開發技術或創新模式。

執行單位進行前項國際合作者，得與合作之外國機關（構）或事業以契約具體約定下列各款事項：
一、合作標的。
二、合作方式。
三、計價方式。
四、轉授權權利。
五、使用地域。
六、合作所衍生研發成果之權益歸屬。

執行單位簽訂國際合作契約所約定之違約損害賠償責任，不得損及本部或所屬機關之權益。

國際合作契約金額達一定金額以上，且該契約所約定事項有下列各款情形之一者，執行單位應敘明理由報本部或所屬機關核定：
一、就合作標的未享有轉授權權利。
二、就合作標的之使用限制特定地域。
三、就合作所衍生研發成果未享有任何權益。

前項一定金額，由本部或所屬機關定之。

執行單位執行科技專案有下列各款情形之一者，本部或所屬機關得依約核減該科技專案當年度或以後年度之管理費或績效獎勵，並得要求更換計畫主持人：
一、執行進度或經費動支落後，且未能改善。
二、執行項目與契約內容不符。
三、第十八條第二項之查證經評定為未達成預期成果。
四、未依科技專案管理制度執行。
五、違反法令或契約相關規定。

執行單位違反前項規定且情節重大者，本部或所屬機關得依約終止或解除契約。並得依情節輕重不受理其申請科技專案一年至五年。

執行單位拒絕政府審監單位查核，或查核後經要求改善而不予改善者，本部或所屬機關得依約減少或停止撥付經費、終止或解除契約。

科技專案執行期間屆滿後一定期間內，本部或所屬機關應依約進行查證。但契約另有約定者，不在此限。

本部或所屬機關依前項查證結果，得作下列決定：
一、准予結案。
二、限期改善。
三、減價結案。
四、不予結案。

查證結果屬前項第二款或第三款者，本部或所屬機關得依約核減該科技專案當年度或以後年度之管理費或績效獎勵。

查證結果屬第二項第四款者，本部或所屬機關除得依約核減該科技專案當年度或以後年度之管理費或績效獎勵外，亦得限制該執行單位於一年至五年內，不得申請科技專案。