本部或所屬機關依前條績效考評結果或科技專案執行情形，得依約作下列決定：
一、核給執行單位全部或部分管理費。
二、調整本部或所屬機關對執行單位之科技專案管理彈性。
三、調整執行單位科技專案研發成果收入之繳庫比率。
四、核給執行單位不同等級之績效獎勵。

前項第四款所核給個別科技專案績效獎勵之上限，不得超過管理費之百分之二十；本部所核給之年度績效獎勵總額，不得超過當年度管理費總額之百分之八。