本部或所屬機關為增進科技專案對產業創新之效益，得訂定績效指標及相關程序，進行績效考評。

本部或所屬機關依前條績效考評結果或科技專案執行情形，得依約作下列決定：
一、核給執行單位全部或部分管理費。
二、調整本部或所屬機關對執行單位之科技專案管理彈性。
三、調整執行單位科技專案研發成果收入之繳庫比率。
四、核給執行單位不同等級之績效獎勵。

前項第四款所核給個別科技專案績效獎勵之上限，不得超過管理費之百分之二十；本部所核給之年度績效獎勵總額，不得超過當年度管理費總額之百分之八。

本部或所屬機關得依績效考評會之審查意見，依約要求執行單位於一定期限內改善。

本部或所屬機關於執行單位未依期限改善時，經績效考評會審議後，得依個案情節輕重，限制其於一年至五年內，不得申請科技專案。

執行單位於前項停權期間屆滿後重新申請科技專案者，應再次接受第十三條第一項規定之評鑑。

本部得評選績效優良之計畫、技術、計畫主持人及其他人員，給予獎勵。