中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後七個月內，將第十三條第一項、第二項第二款及第十四條規定之審查結果函復公司，副知公司所在地稅捐稽徵機關，另將第十三條第二項第一款規定之審查意見函送公司所在地稅捐稽徵機關，以辦理核定投資抵減稅額。

公司依第十三條及第十四條規定提出申請，其檢附之申請文件資料有所欠缺而可以補正者，中央目的事業主管機關應就該申請事項一次通知限期補正；屆期未補正或補正未完全者，就其現有申請資料逕予審查。

中央目的事業主管機關經查公司不符第三條第一項第四款規定者，應函送資格條件審查結果予公司所在地稅捐稽徵機關，並副知公司。

公司所在地稅捐稽徵機關如發現申請適用本辦法投資抵減之公司不符合第三條第一項第一款或第二款所定情形之一者，應檢具相關事證，移請中央目的事業主管機關再行確認，該機關如撤銷原審查結果，應副知公司所在地稅捐稽徵機關。