本辦法依產業創新條例（以下簡稱本條例）第十條之二第六項規定訂定之。
本辦法所稱居國際供應鏈關鍵地位，指公司生產之產品或提供之服務應用於涉及二個以上國家或地區之產業供應鏈，且其產品或服務於該產業供應鏈任一環節具顯著影響力。
本辦法所稱前瞻創新研究發展，指公司投入國際領先技術或成熟製造技術之創新性應用研究發展活動，其適用領域由經濟部（以下簡稱本部）公告。
本辦法所稱先進製程之全新機器或設備，指公司投入開發國際領先技術進行商業化量產，或發展已達商業化量產之成熟製造技術之創新性應用，所購置自行使用之全新機器及設備。
本部應每二年邀請相關產業界、學術界、研究機構與政府機關代表檢討第二項規定之適用領域及前三項規定之定義。
依本辦法規定申請適用前瞻創新研究發展投資抵減之公司，應於我國境內進行技術創新且居國際供應鏈關鍵地位，並符合下列資格條件：
一、在同一課稅年度內之研究發展費用達新臺幣六十億元。
二、在同一課稅年度內之研究發展費用占營業收入淨額比率達百分之六。
三、當年度有效稅率未低於下列比率：
（一）一百十二年度為百分之十二。
（二）自一百十三年度起為百分之十五。但一百十三年度得由本部會同財政部審酌國際間施行經濟合作暨發展組織全球企業最低稅負制情形調整為百分之十二，報請行政院核定後，由本部會同財政部公告之。
四、最近三年內無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大情事。
依本辦法規定申請適用先進製程之全新機器或設備投資抵減者，應符合前項規定，且其同一課稅年度購置自行使用於先進製程之全新機器或設備之支出總金額達新臺幣一百億元。
第一項第一款、第二款規定之研究發展費用及營業收入淨額，以公司經會計師查核簽證之當年度個體綜合損益表金額為準。
第一項第三款所稱有效稅率，指公司當年度依所得稅法第七十一條第一項規定計算之應納稅額，減除依境外所得來源國稅法規定繳納之所得稅可扣抵之稅額（包括簽署所得稅協定之他方締約國所減免之稅額而依該協定應准扣抵之應納稅額）、大陸地區來源所得在大陸地區及第三地區已繳納之所得稅可扣抵之稅額、依本條例及其他法律規定投資抵減之實際抵減稅額後之餘額，占其自行依法調整後全年所得額之比率。
前項規定計算後之餘額及全年所得額，以稅捐稽徵機關核定數為準。但公司申請適用本辦法投資抵減時，暫以營利事業所得稅結算申報書損益及稅額計算表所載金額核算。
公司如有藉收入、成本、費用、損失、其他影響損益或稅額項目之調整，使有效稅率符合第一項第三款規定者，稅捐稽徵機關應依所得稅法相關規定調整相關損益科目及金額，核實計算有效稅率。
本辦法所定前瞻創新研究發展，除第五條第一項第二款所定有委外必要之研究發展活動外，以建立公司自主研究發展能力為原則，限於公司研究發展單位於前瞻創新研究發展適用領域所從事之下列態樣：
一、為開發或設計新產品、新服務之生產程序、服務流程或系統及其原型所從事之研究發展活動。
二、為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。
前項所定態樣，不含為改進現有產品或服務之生產程序、服務流程或系統及現有原料、材料或零組件所從事之研究發展活動。
第一項所稱研究發展單位，指公司內部專責從事研究發展活動之單位。
本辦法所稱前瞻創新研究發展之支出，指公司之下列費用或支出：
一、公司研究發展單位從事前瞻創新研究發展活動所支出之下列費用：
（一）專門從事研究發展工作全職人員之薪資。
（二）具完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，專供研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用。
（三）專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。
（四）專為用於研究發展所購買或使用之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之當年度攤折或支付費用。
（五）專門從事研究發展工作全職人員參與研究發展專業知識之教育訓練費用。
二、公司研究發展單位為從事前瞻創新研究發展活動，個別研究發展計畫有部分委外必要者，其下列委外研究發展費用：
（一）委託國內大專校院或研究機構研究，或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
（二）委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
三、公司研究發展單位為從事前瞻創新研究發展活動，與國內外公司、大專校院或研究機構共同研究發展所為之支出。
前項第一款第三目所定專用技術、第四目、第二款第二目及第三款所定事項，以經中央目的事業主管機關審查核准者為限。
第一項第一款第五目所定教育訓練，應為執行前瞻創新研究發展計畫所需，包括自行辦理、委託辦理或與其他公司、有限合夥事業或相關團體聯合辦理，且指派所屬專門從事研究發展工作全職人員參與研究發展專業知識之教育訓練；其費用範圍如下：
一、師資之鐘點費及旅費。
二、受訓員工之旅費及繳交訓練單位之費用。
三、教材費、保險費、訓練期間伙食費及場地費。
前項教育訓練屬委託辦理部分，該受託辦理訓練活動之公司不得以其所代辦之教育訓練費用適用本辦法之投資抵減；屬與其他公司、有限合夥事業或相關團體聯合辦理部分，其屬該其他公司、有限合夥事業或相關團體應分攤之聯合辦理費用，不得適用本辦法之投資抵減。
第一項第二款第一目及第三款所稱國內研究機構，包括政府之研究機關（構）、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。
下列費用或支出，不得認列為前瞻創新研究發展之支出：
一、行政管理支出。
二、例行性之資料蒐集相關支出。
三、例行性檢驗之支出。
四、例行性開發市場業務之支出。
五、為確定顧客之接受度，從事試製所須耗用原料、材料之支出。
六、市場研究、市場測試、消費性測試、廣告費用或品牌研究支出。
七、差旅費、保險費及膳雜費。但屬前條第一項第一款第五目規定之教育訓練活動費用者，不在此限。
八、因銷售行為所支出之認證測試費用。
公司申請適用前瞻創新研究發展投資抵減者，應符合下列規定：
一、除第五條第一項第二款第二目所定委外研究發展及第五條第一項第三款所定共同研究發展約定由國外公司、大專校院或研究機構執行部分者外，以在我國境內從事者始得認列前瞻創新研究發展之支出。
二、公司前瞻創新研究發展之產品或技術，以專供公司自行使用為原則，如供他人製造或使用，應取得合理之權利金或其他合理之報酬。但公司研究發展之產品或技術提供其國內外或大陸地區關係企業製造或使用，未收取合理之權利金或其他合理之報酬，如能提示足資證明已將合理利潤留於該公司之移轉訂價文件，且經稅捐稽徵機關查明屬實者，不在此限。
公司同一課稅年度從事前瞻創新研究發展之支出，得按支出金額百分之二十五，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之三十為限。
前項適用投資抵減之前瞻創新研究發展之支出金額，應減除政府補助款及研究發展單位產生之收入，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。
公司購置先進製程之全新機器或設備之支出，申請適用投資抵減，該等全新機器或設備應供自行使用，其安裝地點以公司自有或承租之我國境內生產場所或營業處所為限。但因行業特性須安裝於我國境內特定處所，不在此限。
前項安裝地點於購置之次日起三年內如有變動，公司應自行向稅捐稽徵機關申請備查。
第一項所稱購置，包括向他人購買、融資租賃取得、自行製造或委由他人製造，並取得統一發票或進口報單、交貨文件等原始憑證及其相關付款證明文件。
前項所稱融資租賃取得，指公司承租機器或設備符合下列情形之一：
一、租賃期間屆滿時，機器或設備所有權移轉予承租人。
二、承租人於租賃期間得行使購買租賃機器或設備選擇權，且得以明顯低於選擇權行使日該機器或設備公允價值之價格購買。
三、租賃期間達租賃機器或設備經濟年限四分之三。
四、租賃開始日，最低租賃給付現值達租賃機器或設備公允價值百分之九十。
五、其他足資證明租賃機器或設備已移轉附屬於該機器或設備所有權所有之風險及報酬。
公司同一課稅年度購置自行使用於先進製程之全新機器或設備之支出，得按該支出總金額百分之五，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之三十為限。
前項所稱當年度，指公司購置自行使用於先進製程之全新機器或設備之交貨年度。
第一項所定支出總金額，應減除政府補助款，並依下列規定認定，且以稅捐稽徵機關核定數為準：
一、向他人購買取得者，指取得該機器或設備之價款、運費及保險費，不包括為取得機器或設備所支付之其他費用。
二、融資租賃取得者，指認列資產之金額屬價款、運費、保險費部分。
三、自行製造者，指生產該機器或設備所發生之實際成本。
四、委由他人製造者，指委由他人生產該機器或設備實際支付之價款、運費、保險費及自行負擔之部分生產成本，不包括為取得該機器或設備所支付之其他費用。
第八條及前條所稱抵減當年度應納營利事業所得稅額，指抵減稅捐稽徵機關核定之當年度營利事業課稅所得額按所得稅法規定稅率計算之應納稅額，及稅捐稽徵機關核定之上一年度未分配盈餘按所得稅法規定稅率計算之應加徵稅額。
公司於同一年度申請核准適用第八條及第十條所定投資抵減，或與本條例或其他法律規定之投資抵減合併適用時，其當年度合計得抵減總額，以不超過當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。但依其他法律規定當年度為最後抵減年度且抵減金額不受限制者，不在此限。
公司申請適用本辦法投資抵減，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請審查是否符合第三條第一項或第二項所定資格條件，逾期申請者，中央目的事業主管機關應不予受理：
一、公司於我國境內進行技術創新且居國際供應鏈關鍵地位之說明資料。
二、經會計師查核簽證之公司當年度個體財務報告影本。
三、公司當年度營利事業所得稅結算申報書之損益及稅額計算表影本。
四、申請適用第十條所定投資抵減者，公司當年度購置自行使用於先進製程之全新機器或設備之投資計畫。
五、其他有關文件資料。
公司從事前瞻創新研究發展之支出申請適用投資抵減者，應併同前項之申請，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請下列事項，逾期申請者，中央目的事業主管機關應不予受理：
一、就其當年度研究發展活動是否屬前瞻創新研究發展活動及符合第四條規定提供審查意見：
（一）公司之組織系統圖及研究人員名冊。
（二）研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。
（三）購買或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約影本或證明文件影本。
（四）研究發展計畫、紀錄或報告。
（五）教育訓練項目明細表、參訓人員名冊及執行情形之相關文件。
（六）其他有關證明文件。
二、辦理第五條第二項規定之審查：
（一）購買或使用之專用技術、專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統者：購買或使用之契約文件影本或相關證明文件影本及付款證明文件影本。
（二）委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員者：委託或聘請之計畫及契約文件影本。
（三）與國內外公司、大專校院或研究機構共同研究發展所為之支出者：
前項第二款規定之支出項目，公司應於費用發生當年度、首次攤折或分攤支出之年度依第一項規定期間提出申請，經核准者，於費用發生年度、首次攤折或分攤支出之年度起適用。但未能於前開年度之申請期間提出且屬前項第二款第一目及第三目規定之支出者，得於費用之攤折或分攤年限內依第一項規定期間提出，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自申請之申報年度起適用。
公司購置自行使用於先進製程之全新機器或設備之支出申請適用投資抵減者，應依前條第一項規定辦理，並檢附與申請適用投資抵減支出項目有關之下列文件，向中央目的事業主管機關申請審查當年度投資支出項目是否屬先進製程之全新機器或設備，逾期申請者，中央目的事業主管機關應不予受理：
一、自行由國內購置者（包含經由代理商、經銷商或貿易商購置）：
（一）統一發票影本及付款證明文件影本。
（二）交貨證明文件影本或相關文件。
二、自行由國外進口者：
（一）付款證明文件影本。
（二）海關核發之進口報單影本、註明運輸工具到港日期之進口證明書影本或相關文件。
三、以融資租賃方式向租賃公司購置者：
（一）統一發票影本及付款證明文件影本。
（二）租賃契約書影本。
四、自行製造或委由他人製造者：
（一）轉供自用之統一發票影本或帳載紀錄、委託他人製造所取具之統一發票影本及付款證明文件影本。
（二）成本明細表、委託製造契約影本或相關證明文件影本。
公司當年度依前條及前項規定申請審查者，應併案提出。
中央目的事業主管機關應成立審查小組，審查下列事項：
一、公司是否符合第三條第一項序文、第一款至第三款及第二項規定之資格條件。
二、公司是否從事前瞻創新研究發展活動。
三、公司從事前瞻創新研究發展活動相關支出之項目。
四、公司購置自行使用於先進製程之全新機器或設備相關支出之項目。
五、第一款資格條件經審查不符者，得依第二十條規定辦理審查。
六、其他有關事項。
前項審查小組置委員十一人以上，其中一人為召集人，由中央目的事業主管機關指派之人兼任；一人為副召集人，由召集人指派兼任；委員逾半數應屬專家學者；其餘委員由本部、財政部、國家發展委員會、國家科學及技術委員會及其他機關代表兼任。
中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後七個月內，將第十三條第一項、第二項第二款及第十四條規定之審查結果函復公司，副知公司所在地稅捐稽徵機關，另將第十三條第二項第一款規定之審查意見函送公司所在地稅捐稽徵機關，以辦理核定投資抵減稅額。
公司依第十三條及第十四條規定提出申請，其檢附之申請文件資料有所欠缺而可以補正者，中央目的事業主管機關應就該申請事項一次通知限期補正；屆期未補正或補正未完全者，就其現有申請資料逕予審查。
中央目的事業主管機關經查公司不符第三條第一項第四款規定者，應函送資格條件審查結果予公司所在地稅捐稽徵機關，並副知公司。
公司所在地稅捐稽徵機關如發現申請適用本辦法投資抵減之公司不符合第三條第一項第一款或第二款所定情形之一者，應檢具相關事證，移請中央目的事業主管機關再行確認，該機關如撤銷原審查結果，應副知公司所在地稅捐稽徵機關。
公司申請適用本辦法投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報，送請公司所在地稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額，並備妥第十三條及第十四條規定之文件；申請人於當年度結算申報期間屆滿前未依規定格式填報者，不得適用投資抵減。
前項申報表格之格式，由財政部定之。
公司依第一項規定填報之資料如有疏漏，經稅捐稽徵機關通知補正，屆期未補正或補正未完全者，稅捐稽徵機關應不予受理。
稅捐稽徵機關進行調查時，公司應於稅捐稽徵機關書面調查函送達之次日起七日內提示第一項規定之文件；其因特殊情形，不能於規定期間內提示者，應於期間屆滿前申請延期，延長之期間最長不得超過七日，並以一次為限。
公司未於前項規定期限內提示相關文件者，稅捐稽徵機關得依查得之資料核定其投資抵減稅額。
申請核准適用本條例第十條之二第一項規定之公司，其當年度全部研究發展支出，不得適用本條例第十條、第十二條之一第一項及其他法律為鼓勵研究發展目的提供之所得稅優惠。
申請核准適用本條例第十條之二第二項規定之公司，其當年度全部購置機器及設備支出，不得適用本條例第十條之一及其他法律規定機器或設備投資之所得稅優惠。
公司依第十三條、第十四條規定申請適用投資抵減，及依第十七條規定辦理營利事業所得稅結算申報時，應併予聲明如中央目的事業主管機關審查或所在地稅捐稽徵機關核定當年度不符第三條第一項或第二項資格條件規定，是否同意變更適用本條例第十條或第十條之一之規定；其未聲明同意者，不得變更適用。
前項中央目的事業主管機關審查或所在地稅捐稽徵機關核定當年度不符第三條第一項或第二項資格條件規定，包括下列情形：
一、經中央目的事業主管機關依第十五條第一項第一款規定審查不符第三條第一項序文、第一款、第二款、第三款或第二項所定資格條件。
二、經中央目的事業主管機關依第十六條第四項規定撤銷審查結果。
三、經所在地稅捐稽徵機關核定不符第三條第一項第三款或第二項規定。
公司有前項各款情形之一，且已依第一項規定聲明同意變更適用者，應於審查結果、撤銷審查結果或核定通知書送達之次日起一個月內，填報公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法第十五條第二項或公司或有限合夥事業投資智慧機械與第五代行動通訊系統及資通安全產品或服務抵減辦法第十四條第二項規定格式之申報表格，並檢附繳納稅額證明，送所在地稅捐稽徵機關；逾期未辦理者，稅捐稽徵機關應不予受理。
公司依前項規定辦理者，得免依法加計利息。
第二項第二款及第三款所定變更適用案件，公司向其所在地稅捐稽徵機關辦理更正申報資料後，稅捐稽徵機關應通知中央目的事業主管機關。
中央目的事業主管機關就前條第二項所定變更適用案件，應依下列規定辦理，供公司所在地稅捐稽徵機關辦理核定投資抵減稅額：
一、對公司依第十三條第二項所提申請文件，審查其研究發展活動及相關支出項目是否符合公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法規定。
二、對公司依第十四條第一項所提申請文件，審查其投資計畫及購置機器或設備之支出項目是否符合公司或有限合夥事業投資智慧機械與第五代行動通訊系統及資通安全產品或服務抵減辦法規定，並將審查結果函復公司，副知公司所在地稅捐稽徵機關，不受該辦法第十條及第十二條以申辦系統辦理規定限制。
中央目的事業主管機關對前條第二項第二款及第三款所定變更適用案件，應於稅捐稽徵機關通知之次日起三個月內，依前項規定辦理。
依本辦法申請專供前瞻創新研究發展用之專利權、專用技術、著作權、專業性或特殊性之資料庫、軟體程式及系統，或使用於先進製程之全新機器或設備，於購置之次日起三年內，轉借、出租、轉售、退貨、拍賣、報廢、失竊、經他人依法收回、安裝地點不符第九條規定或變更原使用目的者，應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之所得稅款，並自當年度營利事業所得稅結算申報期限屆滿之次日起至繳納之日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。但符合下列情形之一者，不在此限：
一、報廢係因震災、風災、水災、旱災、寒害、蟲災、火災、土石流、海嘯、瘟疫、戰爭、核災、氣爆，或其他不可預見、不可避免且非屬人力所能抗拒之不可抗力之災害或事件。
二、依企業併購法規定辦理合併、分割或收購而移轉該等購置項目，並符合同法第四十二條規定。
前項第一款因不可抗力之災害或事件而報廢之購置項目，公司應自災害或事件發生之次日起三十日內，檢具損失清單及證明文件，報請稅捐稽徵機關派員勘查；其未依規定報請稅捐稽徵機關派員勘查，而能提出確實證據證明其損失屬實者，仍予核實認定。
依本辦法規定申請抵減營利事業所得稅之公司，其當年度申報之前瞻創新研究發展支出或自行使用於先進製程之全新機器或設備支出經稅捐稽徵機關查明有虛報情事者，依所得稅法有關逃漏稅處罰及稅捐稽徵法有關停止其享受租稅優惠待遇之規定處理。
本辦法自中華民國一百十二年一月一日施行至一百十八年十二月三十一日止。