公司依第十三條、第十四條規定申請適用投資抵減，及依第十七條規定辦理營利事業所得稅結算申報時，應併予聲明如中央目的事業主管機關審查或所在地稅捐稽徵機關核定當年度不符第三條第一項或第二項資格條件規定，是否同意變更適用本條例第十條或第十條之一之規定；其未聲明同意者，不得變更適用。

前項中央目的事業主管機關審查或所在地稅捐稽徵機關核定當年度不符第三條第一項或第二項資格條件規定，包括下列情形：
一、經中央目的事業主管機關依第十五條第一項第一款規定審查不符第三條第一項序文、第一款、第二款、第三款或第二項所定資格條件。
二、經中央目的事業主管機關依第十六條第四項規定撤銷審查結果。
三、經所在地稅捐稽徵機關核定不符第三條第一項第三款或第二項規定。

公司有前項各款情形之一，且已依第一項規定聲明同意變更適用者，應於審查結果、撤銷審查結果或核定通知書送達之次日起一個月內，填報公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法第十五條第二項或公司或有限合夥事業投資智慧機械與第五代行動通訊系統及資通安全產品或服務抵減辦法第十四條第二項規定格式之申報表格，並檢附繳納稅額證明，送所在地稅捐稽徵機關；逾期未辦理者，稅捐稽徵機關應不予受理。

公司依前項規定辦理者，得免依法加計利息。

第二項第二款及第三款所定變更適用案件，公司向其所在地稅捐稽徵機關辦理更正申報資料後，稅捐稽徵機關應通知中央目的事業主管機關。