秘書室掌理事項如下：
一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、出納、財物、營繕、採購及其他事務之管理。
三、國際商港資產設定地上權或出租方式委託港務公司經營管理及資產管理相關業務之處理。
四、國會聯絡、媒體公關事務、施政計畫管考之處理。
五、工友（含技工、駕駛）之管理。
六、本局災害防救之聯繫及安全防護之處理。
七、不屬其他各組、室、中心事項。