交通部航港局（以下簡稱本局）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
局長綜理局務，並指揮、監督所屬人員；副局長襄助局長處理局務。
主任秘書權責如下：
一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本局設下列組、室、中心：
一、企劃組，分三科辦事。
二、航務組，分三科辦事。
三、船舶組，分三科辦事。
四、港務組，分四科辦事。
五、船員組，分三科辦事。
六、航安組，分四科辦事。
七、秘書室，分四科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室，分二科辦事。
十一、資訊室。
十二、北部航務中心，分六科辦事。
十三、中部航務中心，分四科辦事。
十四、南部航務中心，分六科辦事。
十五、東部航務中心，分三科辦事。
企劃組掌理事項如下：
一、國際組織事務之參與及研析。
二、海運法規訂修及解釋之擬議。
三、海運發展策略之規劃及研析。
四、國際公約趨勢與動態之蒐集及研析。
五、海運國際合作事務之研析；我國海運業者參與國際合作事務之輔導。
六、航港政策之研析及擬議。
七、國際海運貿易協定之策劃、研訂及推行。
八、海運法令法制作業之審查；法制資料之整理、運用與相關法律事務之會辦及處理。
九、其他有關海運綜合企劃事項。
航務組掌理事項如下：
一、航業、海商相關法規訂修及解釋之擬議；航運條約及協定之處理。
二、航業業務規則之規劃、督導及處理。
三、船舶運送業聯營組織與業務之監理、督導及處理。
四、臺灣地區與香港、澳門、大陸地區航運業務之規劃、督導及處理。
五、離島與兩岸通航業務之規劃、督導及處理；外國船舶運送業在臺分支機構之監督及管理。
六、航業發展之規劃及輔導；績優航商之審核及表揚。
七、航業消費者糾紛之協助調處及申訴案件之處理。
八、航運秩序管理業務之規劃及輔導。
九、其他有關航務事項。
船舶組掌理事項如下：
一、船舶發展計畫、相關法規訂修及解釋之擬議；船舶國際公約之認可及施行之擬議審核。
二、船舶之建（購）造、改造、修理、抵押、出售及拆解之核議。
三、港口國管制、船舶（含小船）之檢查、丈量、載重線或吃水尺度勘劃事項之業務督導。
四、船舶登記及小船註冊業務之督導。
五、船舶安全管理與查核、保全事項及保全等級之發布。
六、驗船機構之監督及管理；驗船師執業證書之核（換、補）發。
七、船舶技術人員訓練、船舶技術規範、檢查技術標準之研訂及核議；船舶因應氣候變遷調適有關事宜之研議。
八、非中華民國國籍船舶申請進入非國際港灣口岸之特許。
九、水運動員計畫之擬訂及動員事宜之協助。
十、其他有關船舶事項。
港務組掌理事項如下：
一、港區許可業之監理及業務督導。
二、國內商港（除金門、馬祖國內商港）之港埠建設及經營管理。
三、商港服務費之收取、保管及運用；商港自由貿易港區之管理。
四、港口設施保全及港區污染防治之督導。
五、國際商港公有公共基礎設施之建設及管理。
六、港務管理與商港自由貿易港區法規訂修及解釋之擬議。
七、各港災害防救業務之督導。
八、航港建設基金之收支、運用及管理。
九、金門與馬祖國內商港港埠建設及經營管理之督導。
十、其他有關港務事項。
船員組掌理事項如下：
一、船員發展、培訓計畫之研議與相關國際公約施行之研擬及資料蒐集。
二、船員相關法規之訂修及解釋之擬議。
三、船員規劃及研考業務之處理；船員訓練設備購置補充之審議。
四、船員與其訓練機構、動力小船駕駛、遊艇駕駛及其訓練機構之管理。
五、船員各項訓練、適任性評估、航海人員測驗及發證之管理。
六、水運動員之船員管理。
七、船員證件、最低安全配額、船員勞動條件及檢查之管理。
八、動力小船與遊艇駕駛執照測驗及發證之督導。
九、船員僱用申請之管理及核議。
十、其他有關船員、動力小船及遊艇駕駛事項。
航安組掌理事項如下：
一、航道之研議及劃設。
二、航路標識之設置、維護、管理與申請設置之核准及督導。
三、航行安全策略、智慧航安業務之規劃及執行；航行安全相關法規之訂修及解釋之擬議。
四、海難災害防救之規劃、預防、應變及復原機制之研擬。
五、海難災害事件之協調、聯繫、應變、處置及統計分析。
六、海事評議事務之處理。
七、引水業務之監督及管理；引水人執業證書及登記證書之核（換、補）發。
八、全球海上遇險與安全系統及國際衛星輔助搜救系統之管理維護。
九、臺北任務管制中心業務之督導管理。
十、其他有關航安事項。
秘書室掌理事項如下：
一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、出納、財物、營繕、採購及其他事務之管理。
三、國際商港資產設定地上權或出租方式委託港務公司經營管理及資產管理相關業務之處理。
四、國會聯絡、媒體公關事務、施政計畫管考之處理。
五、工友（含技工、駕駛）之管理。
六、本局災害防救之聯繫及安全防護之處理。
七、不屬其他各組、室、中心事項。
人事室掌理本局人事事項。
政風室掌理本局政風事項。
主計室掌理本局歲計、會計及統計事項。
資訊室掌理事項如下：
一、本局資訊服務策略之規劃、建置、管理及推動。
二、本局資訊應用環境之規劃、建置及管理。
三、本局資通安全之規劃、建置及推動。
四、本局業務資訊化之支援。
五、其他有關資訊業務事項。
各航務中心掌理事項如下：
一、航業設立、變更及註銷登記；固定航線登記及費率備查；船舶進出港簽證、金門馬祖澎湖及大陸地區通航（非固定航線）；違反航業法規處分等監理業務之執行。
二、船員服務手冊、適任證書之核（換、補）發作業；遊艇與動力小船駕駛測驗及執照之核（換、補）發作業；違反船員法規處分等業務之執行。
三、船舶（含小船）證書、執照及相關船舶文書之核（換、補）發；船舶登記、註冊、檢查、丈量、載重線或吃水尺度之勘劃；船舶救生及滅火演習之督導；水運動員計畫之擬訂及相關事項之執行；違反船舶法規處分之執行。
四、船舶海事案件調查處理之執行；轄區海域海難事件之協調、聯繫及處置。
五、引水業務、引水人之管理及打撈計畫之審核。
六、港區許可業之監理；商港公有公共基礎設施維護管理之督導。
七、港區安全及港口設施保全之查核；海難通報及港區災害之防救；汙染防治業務之督導；違反港務法規處分之執行。
八、商港自由貿易港區內事業申辦事項之受理。
九、航路標識管理及維護之協助執行；違反航路標識條例及航行安全相關法規處分之執行。
十、其他有關各航務中心事項。
本局處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。
本規程自中華民國一百十二年九月十五日施行。