港務組掌理事項如下：
一、港區許可業之監理及業務督導。
二、國內商港（除金門、馬祖國內商港）之港埠建設及經營管理。
三、商港服務費之收取、保管及運用；商港自由貿易港區之管理。
四、港口設施保全及港區污染防治之督導。
五、國際商港公有公共基礎設施之建設及管理。
六、港務管理與商港自由貿易港區法規訂修及解釋之擬議。
七、各港災害防救業務之督導。
八、航港建設基金之收支、運用及管理。
九、金門與馬祖國內商港港埠建設及經營管理之督導。
十、其他有關港務事項。