航務組掌理事項如下：
一、航業、海商相關法規訂修及解釋之擬議；航運條約及協定之處理。
二、航業業務規則之規劃、督導及處理。
三、船舶運送業聯營組織與業務之監理、督導及處理。
四、臺灣地區與香港、澳門、大陸地區航運業務之規劃、督導及處理。
五、離島與兩岸通航業務之規劃、督導及處理；外國船舶運送業在臺分支機構之監督及管理。
六、航業發展之規劃及輔導；績優航商之審核及表揚。
七、航業消費者糾紛之協助調處及申訴案件之處理。
八、航運秩序管理業務之規劃及輔導。
九、其他有關航務事項。