本局設下列組、室、中心：
一、企劃組，分三科辦事。
二、航務組，分三科辦事。
三、船舶組，分三科辦事。
四、港務組，分四科辦事。
五、船員組，分三科辦事。
六、航安組，分四科辦事。
七、秘書室，分四科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室，分二科辦事。
十一、資訊室。
十二、北部航務中心，分六科辦事。
十三、中部航務中心，分四科辦事。
十四、南部航務中心，分六科辦事。
十五、東部航務中心，分三科辦事。