運輸技術研究中心掌理事項如下：
一、運輸工程規劃及設計技術之研究。
二、運輸工程材料及維護管理技術之研究。
三、陸路運輸防災及預警技術之研究。
四、港灣防災及航安技術之研究。
五、運輸環境調查、監測、試驗及保護分析之研究。
六、運輸環境資料庫系統及數值模擬技術之研究。
七、運輸環境資訊系統之開發、建置及整合。
八、協助部屬機關有關運輸技術之研究。
九、其他有關運輸技術研究事項。