本所設下列組、室、中心：
一、運輸計畫及陸運組。
二、運輸工程及海空運組。
三、運輸安全組。
四、運輸經營及管理組。
五、運輸科技及資訊組。
六、運輸能源及環境組。
七、秘書室。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。
十一、運輸技術研究中心，分三科辦事。