運輸工程及海空運組掌理事項如下：
一、公路、鐵道、港埠、機場等相關運輸設施管理之研究及發展。
二、國土、區域發展有關海空運系統之審議、研究及建議。
三、特定運輸工程建設計畫之推動及建議。
四、海空運政策及港埠、機場規劃之研究。
五、海空運系統發展、產業發展及航政、港務議題之研究。
六、運輸設施管理新科技應用之研究。
七、其他有關運輸工程及海空運研究事項。