運輸經營及管理組掌理事項如下：
一、公共運輸發展政策之評估、規劃研究及建議。
二、公共運輸事業經營管理課題（路線審議、補貼、評鑑、票證與費率）之評析及前瞻策略規劃。
三、國內貨運發展政策之評估、規劃、研究及建議。
四、先進公共運輸系統與商用運輸物流系統技術之研發及示範。
五、公共運輸與國內貨運有關議題法規之檢討、影響評估及建議。
六、公共運輸與國內貨運產業輔導策略之規劃及教育訓練。
七、運輸產業創新及新興課題之研究。
八、其他有關運輸經營及管理研究事項。