本部各項收支之管理，依左列規定：
一、各項收入除經收納機關或繳款人逕行繳庫之款項，由會計處憑繳款書審核，編造記帳憑證送總務司進帳者外，其由本部直接收納者，應由總務司出納科填具收款收據，經會計處審核簽章交繳款人收執，並由會計處編具記帳憑證列帳。總務司經收款項，應於當日或次日送存銀行。
二、各項支付應經會計處先行審核會章，編具記帳憑證送總務司出納科，方得為支付之執行。其屬核定計劃內之各項支付，應依國庫集中支付制度作業程序之規定辦理。
三、總務司支付款項除零星款項支付得於核定之零用金款項內付現外，一律應以受款人抬頭支票簽發，並於當日或次日通知受款人具領或交銀行匯付。如屬國庫集中支付之款項，應憑會計處開填之付款憑單於當日或次日將第一第二兩聯送地區支付處辦理支付，其須領回票款轉發者，由總務司出納科領回轉發。
四、經地區支付處支付之憑單，由會計處核對後保管備查，代收代付款項之收支，由總務司在收支傳票上註明收付日期，銀行戶號，支票號碼，登入現金出納簿及銀行往來帳戶逐日結算，並編製現金結存表，連同當日收付款傳票正張及所附單據送會計處登帳。
五、現金結存表由總務司出納科編製一式三份，以一份存查，一份送會計處，一份呈部次長核閱。
六、各業務計畫經費分配數，每月餘額由會計處將地區支付處填送之「庫款支付對帳單」核對無誤後簽回地區支付處，其須調節者，應由會計處編製調節表，以一份附同簽回。
七、本部經管之代管款及專戶存款，每月結存由總務司出納科將國庫核帳單核對並編製國庫存款差額解釋表送會計處對帳後依規定程序簽回國庫。
八、本部國庫存款及支票之簽發，以總務司出納科長、會計長、部長及其授權代簽人之印鑑為準。付款憑單之簽發，以會計長部長或其授權代簽人之印鑑為準。
九、本部財務調度事項，由會計處統籌規劃辦理。