局長綜理局務，並指揮監督所屬員工，副局長襄理局務；主任秘書襄理局長、副局長處理局務。

港務長，綜理港務事項；總工程司，綜理工務事項；副港務長、副總工程司，襄助港務長、總工程司處理相關業務。

組室主管承局長、副局長之命處理本單位事務，副主管襄助主管處理業務，科長承本單位主管、副主管之命處理業務。

其餘各級人員，各承長官之命，處理業務。