業務組設企劃、營運、客戶服務三科，分別掌理下列事項：
一、商港設施合作興建或租賃經營管理事項。
二、船舶貨物裝卸承攬業經營許可事項。
三、港埠業務費率項目擬訂及計收事項。
四、商港服務費收取申訴及退費事項。
五、有關商港營運發展企劃事項。
六、辦理轉投資業務事項。
七、客戶服務事項。
八、商港法及國際商港棧埠管理規則等法規擬議修訂事項。
九、港區土地之使用及出租收益，及港區土地區段值之訂定事項。
十、其他交辦事項。