本局設港務組、航政組、業務組、工務組、機務組、勞工安全衛生管理組、環境保護組、資訊室、秘書室、人事室、會計室、政風室。
港務組設港灣、繫船、號誌三科及船舶管理所，分別掌理下列事項：
一、商港範圍檢討擬訂事項。
二、港區安全管理及災害事故通報協調處理事項。
三、港工作業許可證核發事項。
四、船舶船員日用品供應業、船舶理貨業、船舶小修業管理事項。
五、船席指定及調配管理事項。
六、船舶運轉時間及碼頭使用資料之統計事項。
七、船舶停泊違規處理事項。
八、船舶進出港口及港內航行交通管理事項。
九、導助航設備維護管理事項。
十、港勤船舶作業維護管理事項。
十一、民營港勤業務協調督導事項。
十二、商港法與港務管理規則等法規擬議修訂事項。
十三、其他交辦事項。
號誌科下設信號台。
航政組設技術、監理、海事三科，分別掌理下列事項：
一、船舶檢查丈量及載重線勘劃事項。
二、載客船舶適航性抽查事項。
三、船舶檢查證書等核發事項。
四、船舶進出港簽證事項。
五、船舶監理執行有關事項。
六、船員監理執行有關事項。
七、船舶運送業及船舶出租業監理事項。
八、引水人管理事項。
九、船務代理業監理事項。
十、海運承攬運送業監理事項。
十一、貨櫃業散站經營業監理事項。
十二、動力小船駕駛監理事項。
十三、船舶海事案件調查及海事評議業務事項。
十四、船舶海事報告簽證及航海、輪機記事簿核閱簽證事項。
十五、打撈業管理事項。
十六、其他交辦事項。
業務組設企劃、營運、客戶服務三科，分別掌理下列事項：
一、商港設施合作興建或租賃經營管理事項。
二、船舶貨物裝卸承攬業經營許可事項。
三、港埠業務費率項目擬訂及計收事項。
四、商港服務費收取申訴及退費事項。
五、有關商港營運發展企劃事項。
六、辦理轉投資業務事項。
七、客戶服務事項。
八、商港法及國際商港棧埠管理規則等法規擬議修訂事項。
九、港區土地之使用及出租收益，及港區土地區段值之訂定事項。
十、其他交辦事項。
工務組設規劃、設計、工事三科，分別掌理下列事項：
一、發展計畫中之工程、設施規劃之擬訂事項。
二、各種港灣、土木、建築工程新建及更新之設計、審查、建照執照之取得事項。
三、工程發包、施工督導、考核、驗收、決算之處理事項。
四、工程圖檔建立及管理事項。
五、工程計術諮詢事項。
六、工程預算之擬訂及執行事項。
七、其他交辦事項。
機務組設船機、供應二科及材料配件庫，分別掌理下列事項：
一、裝卸機具、船舶資料蒐集、研究及諮詢，船舶及機具購置、汱舊換新計畫審核事項。
二、裝卸機具、船舶採購規範及預算之審查事項。
三、裝卸機具、船舶修護制度之訂定及修正事項。
四、裝卸機具、船舶保養不定期檢查事項。
五、各種電力、電信、照明、空調、監視及電梯等機電工程設計、施工督導、考核、驗收暨相關機、電證照請領事項。
六、機電、船舶相關工程設計標準蒐集、建立及圖檔管理事項。
七、船舶年度修護施工督導、考核事項。
八、有線電、無線電通訊架設管理及證照檢驗申請事項。
九、裝卸機具、無線電通訊架設之督導管理及證照檢驗申請事項。
十、材料及油料收發、儲存管理、清點及盤存等事項。
十一、其他交辦事項。
勞工安全衛生管理組掌理下列事項：
一、勞工安全衛生委員會設置與執行事項。
二、勞工安全衛生自動檢查計畫訂定事項。
三、勞工安全衛生工作守則擬訂及宣導事項。
四、勞工安全衛生教育訓練之督導、實施事項。
五、規劃勞工健康檢查及實施健康管理事項。
六、督導實施作業環境測定與危險機具定期檢查事項。
七、辦理職業災害統計與督導調查、處理事項。
八、勞工安全衛生管理資料之蒐集與建議事項。
九、其他交辦事項。
環境保護組設環境規劃、污染防治二科及清潔隊，分別掌理下列事項：
一、港區環境綠美化及生態保育事項。
二、港區環境稽查及污染防治事項。
三、有害物質管理事項。
四、環境影響評估與監測事項。
五、港區環境清潔、衛生管理事項。
六、港區環保行政法規之研議、修訂及相關政令之推動、宣導事項。
七、其他交辦事項。
資訊室設規劃及設計科、資料管理及操作二科，分別掌理下列事項：
一、資訊業務發展計畫研擬修訂事項。
二、應用作業系統開發維護事項。
三、資訊設備規劃及預算編擬事項。
四、網路連線規劃、建置及管理事項。
五、電腦設備請購經營事項。
六、電腦系統管理操作事項。
七、資訊安全稽核事項。
八、資訊業務委外事項。
九、電腦事務用品經管事項。
十、資訊訓練事項。
十一、其他交辦事項。
秘書室設研考、公關、文書、事務、採購、出納、地產七科及診療所，分別掌理下列事項：
一、施政計畫、工作考成、行政革新、為民服務、人民陳情、研究發展、出國報告及綜合業務視察等事項。
二、新聞宣導、國會聯縏、參觀接待、慶典及睦鄰活動等公共關係事項。
三、印信典守、文書流程管理、文書處理、檔案管理、文書保密及機關首長交接等事項。
四、分層負責及權責劃分事項。
五、辦公處所、宿（眷）舍之營繕、維護與使用管理，以及事物用品採購、車輛管理等事項。
六、財物、勞務之採購、變賣事項。
七、營業稅申報、現金出納、有價證券保管及出納帳冊報表處理事項。
八、財產、房地之登記、管理及投保事項。
九、診療業務事項。
十、其他不屬於各組、室之掌理事項。
十一、其他交辦事項。
人事室設二科，分別掌理下列事項：
一、機關組織編制事項。
二、機關人力規劃及評鑑事項。
三、任免、銓敘、俸給及遷調事項。
四、退休、離職、資遣及撫卹事項。
五、考核、獎懲及考成（績）事項。
六、表揚褒獎及申訴事項。
七、差假勤惰管理事項。
八、訓練、進修、講習、出國及考察事項。
九、保險、待遇、福利互助及各項補助費事項。
十、員工文康活動及慶典集會事項。
十一、勞資關係、工作規則等事項。
十二、人事資料管理事項。
十三、其他交辦事項。
會計室設三科，分別掌理下列事項：
一、年度預算編製事項。
二、預算分配及執行事項。
三、收支審核及記帳憑證編製事項。
四、採購及出租業務監辦事項。
五、補助款保留事項。
六、會計報告編製及辦理上級暨審計機關查核事項。
七、記帳憑證、會計簿籍及會計檔案管理事項。
八、公務統計、調查統計、應用統計分析及統計刊物編製事項。
九、主計人員管理事項。
十、其他交辦事項。
政風室設二科，分別掌理下列事項：
一、政風法令之擬（修）訂及宣導事項。
二、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
三、政風興革建議事項。
四、政風考核獎懲建議事項。
五、公務機密維護事項。
六、危害及破壞事項之預防及協助處理陳情請願事項。
七、公職人員財產申報及審查事項。
八、政風督導小組規劃執行事項。
九、政風機構組織、政風人員之任免、遷調、考成（績）、考核、獎懲及訓練管理事項。
十、政風工作年度計畫之策劃、擬訂、預算編列及推動執行事項。
十一、其他交辦事項。