港務組設港灣、航管、勞安環保三科，分別掌理下列事項：
一、商港範圍檢討修正之處理事項。
二、港區安全管理、災害防救及事故之處理事項。
三、聯絡中心業務處理事項。
四、商港法與港務管理規則等法規擬議修訂事項。
五、船舶日用品供應業、船舶理貨業、船舶小修業管理事項。
六、定期舉辦港埠座談會及港口業務協調會報之處理事項。
七、港灣設施改進與港務管理事項。
八、港埠資料、航船布告、國軍實彈射擊事件之處理事項。
九、船席之指（移）泊、調配、協調管理事項。
十、船舶進出港口及港內航行交通管理事項。
十一、導航設備維護管理事項。
十二、港勤船舶作業管理事項。
十三、船舶給水作業維護管理事項。
十四、勞工安全衛生業務之宣導及重大事件處理事項。
十五、勞工安全衛生工作守則之釐定及執行事項。
十六、勞工安全衛生資料管理、提供及建議事項。
十七、職業災害防止計畫釐定及實施事項。
十八、職業災害調查處理及職業災害統計填報事項。
十九、勞工健康檢查規劃及健康管理實施事項。
二十、商港區域內環境保護、環境清潔及衛生管理事項。

航管科下設信號台。