本局設港務組、航政組、業務組、工務組、秘書室、人事室、會計室、政風室。
港務組設港灣、航管、勞安環保三科，分別掌理下列事項：
一、商港範圍檢討修正之處理事項。
二、港區安全管理、災害防救及事故之處理事項。
三、聯絡中心業務處理事項。
四、商港法與港務管理規則等法規擬議修訂事項。
五、船舶日用品供應業、船舶理貨業、船舶小修業管理事項。
六、定期舉辦港埠座談會及港口業務協調會報之處理事項。
七、港灣設施改進與港務管理事項。
八、港埠資料、航船布告、國軍實彈射擊事件之處理事項。
九、船席之指（移）泊、調配、協調管理事項。
十、船舶進出港口及港內航行交通管理事項。
十一、導航設備維護管理事項。
十二、港勤船舶作業管理事項。
十三、船舶給水作業維護管理事項。
十四、勞工安全衛生業務之宣導及重大事件處理事項。
十五、勞工安全衛生工作守則之釐定及執行事項。
十六、勞工安全衛生資料管理、提供及建議事項。
十七、職業災害防止計畫釐定及實施事項。
十八、職業災害調查處理及職業災害統計填報事項。
十九、勞工健康檢查規劃及健康管理實施事項。
二十、商港區域內環境保護、環境清潔及衛生管理事項。
航管科下設信號台。
航政組設技術、監理二科，分別掌理下列事項：
一、船舶進出港簽證事項。
二、船舶登記及註冊事項。
三、船舶運文業及出租業監理事項。
四、船務代理業監理事項。
五、載客船舶適航性抽查事項。
六、船員、引水人及動力小船駕駛人監理事項。
七、海運承攬運送業監理事項。
八、貨櫃集散站經營業監理事項。
九、船舶檢查丈量及建造、改造船圖審核事項。
十、解體船審核事項。
十一、船舶海事案件調查及海事評議事項。
十二、船舶航海及輪機記事簿核閱簽證事項。
十三、打撈業管理事項。
十四、兩岸航運運輸監理事項。
十五、其他交辦事項。
業務組設企劃、營運二科，分別掌理下列事項：
一、商港設施經營管理事項。
二、船舶貨物裝卸承攬業經營許可事項。
三、港埠業務費項目及費率擬訂計收事項。
四、商港服務費收取事項。
五、有關商港營運發展企劃事項。
六、客戶服務事項。
七、商港法及商港棧埠管理規則等法規擬議修訂事項。
八、其他交辦事項。
工務組設設計、工事、機料三科，分別掌理下列事項：
一、港區整體規劃計畫之擬訂事項。
二、年度工務概算之審核、編製事項。
三、各項重大及新建工程變更、修正之查勘、擬議、處理、設計、繪圖、審查、驗收事項。
四、施工預算之擬訂、審核及登記、保管事項。
五、工程圖當之建立與管理事項。
六、港工作業許可證之核發事項。
七、商港設施損害報告之彙報及資料管理事項。
八、工程技術諮詢事項。
九、工程、港區環境、技術服務、資訊服務及新購船舶之招標、訂約、施工督導及考核、契約執行、驗收派驗、結算驗收證明書簽發、決算及廠商爭議處理事項。
十、機具、資訊、通訊及港灣設備與工程材料之採購、收發、儲運及分類編號事項。
十一、其他交辦事項。
秘書室設四科，分別掌理下列事項：
一、施政計畫編報及追蹤管制事項。
二、年度工作考成考績事項。
三、研究發展事項及因公出國報告存管及運用事項。
四、業務簡報宣導管理及年終業務檢討之綜理事項。
五、人民陳情案件、監察案件及上級交付列管案件之列管追蹤事項。
六、公文檢核稽催查詢管理事項。
七、行政革新事項之推動管考及為民服務事項。
八、新開發佈及新聞媒體聯繫事項。
九、國會聯繫暨質詢案件之處理事項。
十、參觀接待事項。
十一、港埠資料拍攝保存、多媒體及簡介製作事項。
十二、慶典活動、敦親睦鄰等公共關係事項。
十三、印信典守、檔案管理、文書處理、文書保密等事項。
十四、財產、房地產管理及保險等事項。
十五、眷舍、宿舍、辦公廳舍營繕、維護使用管理事項。
十六、財物、事物用品採購、水電、環境衛生管理及消防設施維護事項。
十七、工友、駕駛人員管理、考核、行政車輛調派、保養、修護、汰換及檢驗等事項。
十八、動員業務事項。
十九、收付款業務、有價證券保管、出納帳冊表報處理、所得稅作業、銀行帳戶開立及印鑑更換等事項。
二十、不屬於其他各組、室掌理事項。
人事室掌理下列事項：
一、機關組織編制事項。
二、機關人力規劃及評鑑事項。
三、任免、銓敘、俸給及遷調事項。
四、分層負責及權責劃分事項。
五、退休、離職、資遣及撫卹事項。
六、平時考核、獎懲及考成（績）事項。
七、表揚褒獎及申訴事項。
八、差假勤惰管理事項。
九、訓練、進修、講習出國及考察事項。
十、保襝、待遇、福利、互助及各項補助費事項。
十一、員工體育康樂活動及慶典集會事項。
十二、勞資關係、工作規則等事項。
十三、人事資料管理事項。
十四、其他交辦事項。
會計室設三科，掌理下列事項：
一、年度預算編製事項。
二、預算分配及執行事項。
三、收支審核及記帳憑證編製事項。
四、採購乃出租業務監辦事項。
五、補助款申撥、保留事項。
六、會計報告編製及辦理上級暨審計機關查核事項。
七、記帳憑證、會計簿籍及會計檔案管理事項。
八、年度決算編製事項。
九、現金管理及預算執行查核事項。
十、公務統計、應用統計分析及統計刊物編製事項。
十一、主計機構組織、主計人員之任免、遷調、考成（績）、考核、獎懲及訓練管理事項。
十二、資訊業務發展計畫研擬修訂事項。
十三、電腦系統管理及應用作業系統開發、設計、建置、執行及維護事項。
十四、資訊設備規劃、網路連線規劃、建置及預算擬編事項。
十五、電腦設備請購經管、調配、個人電腦及相關耗材維護經管事項。
十六、資訊安全之規劃、稽核及執行事項。
十七、主機及伺服務器系統軟體、硬體之規劃建置及維護事項。
十八、網頁之開發建置及維護事項。
十九、資訊業務委外及資訊訓練事項。
二十、其他交辦事項。
政風室掌理下列事項：
一、政風法令之擬（修）訂及宣導事項。
二、政風興革建議事項。
三、政風考核獎懲建議事項。
四、公務機密維護事項。
五、危害及破壞事項之預防及陳情請願之協助處理事項。
六、公職人員財產申報及審查事項。
七、政風督導小組規劃執行事項。
八、政風機構組織、政風人員之任免遷調、考成（績）、考核、獎懲及訓練等管理事項。
九、政風工作年度計畫之策劃、擬訂、預算編製及推動執行等事項。
十、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
十一、其他交辦事項。