工務組設設計、工事、機料三科，分別掌理下列事項：
一、港區整體規劃計畫之擬訂事項。
二、年度工務概算之審核、編製事項。
三、各項重大及新建工程變更、修正之查勘、擬議、處理、設計、繪圖、審查、驗收事項。
四、施工預算之擬訂、審核及登記、保管事項。
五、工程圖當之建立與管理事項。
六、港工作業許可證之核發事項。
七、商港設施損害報告之彙報及資料管理事項。
八、工程技術諮詢事項。
九、工程、港區環境、技術服務、資訊服務及新購船舶之招標、訂約、施工督導及考核、契約執行、驗收派驗、結算驗收證明書簽發、決算及廠商爭議處理事項。
十、機具、資訊、通訊及港灣設備與工程材料之採購、收發、儲運及分類編號事項。
十一、其他交辦事項。