業務組設企劃、營運二科，分別掌理下列事項：
一、商港設施經營管理事項。
二、船舶貨物裝卸承攬業經營許可事項。
三、港埠業務費項目及費率擬訂計收事項。
四、商港服務費收取事項。
五、有關商港營運發展企劃事項。
六、客戶服務事項。
七、商港法及商港棧埠管理規則等法規擬議修訂事項。
八、其他交辦事項。