鑑定會議程序如下：
一、主席報告出席委員人數及宣布開會。
二、按議程編列順序逐案進行鑑定。
三、案件鑑定程序如次：
（一）承辦單位必要時並得請現場處理之憲警單位人員或相關機關（構）人員說明案情。
（二）各方當事人報告事故經過情形。
（三）列席人員補充說明。
（四）出席委（職）員及列席專家學者對案情有疑義時，應及時提出詢問，由當事人或有關人員說明解答，必要時實施勘驗及檢驗，並作成紀錄附卷備查。
（五）現場目擊證人報告。
（六）列席專家學者報告。
（七）出席委員閱覽相關資料並聽取上述相關人員報告後，就案情研判事故原因，提出鑑定意見。
（八）主席歸納委員鑑定意見作成結論，徵求委員同意後列入紀錄，委員並在紀錄上親自簽署，作為製作鑑定意見書之依據。
四、委員意見不同時，以多數委員共同意見做成結論。但應將不同意見併同敘明。

列席人員之入場及退席順序由主席視需要定之。

鑑定案件不得作成二個以上之不同結論，若無法作成結論，由工作人員針對各委員意見再調查分析，提下次會議討論。如資料欠缺無法鑑定事故原因時，得不予鑑定或作成分析意見回復囑託者及當事人參考。