受補助事業應依通過之內容執行，如需變更內容者，應以書面方式向主管機關申請並註明理由及變更項目，經主管機關同意後，依契約規定辦理變更。

受補助事業應依主管機關要求，提交各項工作報告送主管機關審查。

主管機關為辦理補助執行成果之審查，得對受補助事業檢查及瞭解其執行受補助項目之情形或其財務狀況，受補助事業應配合提出相關文件、資料或報告；必要時，主管機關並得派員或會同有關機關實地勘查或查核，受補助事業不得規避、妨礙或拒絕。

受補助事業拒絕勘查或查核，經要求改善而不予改善者，主管機關得依約減少或停止撥付經費、終止或解除契約。

受補助事業於受補助計畫之執行，有下列情形之一者，主管機關得依補助契約之約定停止撥付次期款，並追回其應返還之補助款：
一、未依計畫推動業務或進度嚴重落後，且未能於主管機關通知之期限內改善。
二、業務推動成效與計畫所列內容差距過大，且未能於主管機關通知期限內改善。
三、經主管機關勘查驗或查核不合格，且未能於通知期限內改善。
四、未依補助款用途支用或有虛報、浮報之情事。
五、受補助事業辦理採購，補助款占採購金額半數以上，且達政府採購法規定之公告金額以上者，違反科學技術研究發展採購監督管理辦法之相關規定。

受補助事業有前項情形之一者，主管機關得依情節輕重，對該補助計畫停止補助一年至五年。

受補助事業執行本辦法所定輔導與獎勵項目，其有違反法令或辦理不善情事，經主管機關命其限期改善而屆期未改善者，主管機關得即予廢止或停止其全部或一部之輔導與獎勵；該受補助事業三年內不得再申請本辦法相關獎勵。