申請船舶登記時，應依左列各款，分別繳納登記費：
一、因遺產繼承或贈與取得所有權者，減除其已繳遺產稅或贈與稅外，按船舶價值千分之一計算。但公益或公用事業因捐贈而取得所有權者，按千分之零點二。
二、因前款以外之原因取得所有權者，按船舶價值千分之二。
三、為所有權之保存或共有船舶之分割者，按船舶價值千分之零點五；船舶價值超過二千萬元者，其超過部分，按千分之零點二五計算。
四、租賃權存續期間未滿十年者，按船舶價值千分之零點五；存續期間十年以上者，按船舶價值千分之一；存續期間無定者，按船舶價值千分之零點五；因租賃權轉租而登記者，其已經過之期間，應自存續期間中扣除，以其餘期間視為存續期間，計算登記費。
五、取得抵押權者，每件一百元。
六、暫時、附記、變更、更正、回復及註銷之登記，每件二十元。

前項登記，屬於公務船舶者，免繳登記費。

第一項第一款規定之事項，航政主管機關得通知船舶所有人，繳納適當保證金額後，辦理所有權登記。

申請移轉或註銷船籍港時，應依左列各款分別繳納登記費：
一、轉籍：每十噸二元。
二、銷籍：每十噸一元。

前項噸數依總噸數計算，不足十噸者，以十噸計。

申請給與登記簿影本或節本者，應繳納抄錄費；其申請郵寄者，並應繳納郵費。

申請閱覽登記簿或其附屬文件者，應繳納閱覽費。